R語言可視化及作圖7--ggplot2之標簽、圖例和標題繪制

R語言繪圖系列：

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使用geom_label繪制標簽散點圖

繪制點，并通過nudge參數對標簽進行x軸和y軸上的平移

使用angle參數對標簽角度進行設置

geom_label可以使用fill對顏色進行填充,fontface設置字體，geom_text不能填充顏色

parse參數意思是前面?zhèn)魅氲氖且粋€數學表達式，size定義標簽相對大小。

畫一個散點圖

annotate函數傳入標簽

添加矩形

添加短線段

2.1 guide_legend函數（主要參數：color, shape, size）

圖例調整函數也屬于標度函數的一類，但不可以直接使用加號來連接，必須放在函數中，作為一個參數。

guide_colorbar和guide_legend設置的是不同的圖例，guide_colorbar定義色條圖例，guide_legend定義普通圖例。

2.2 標度函數scale

對于連續(xù)型變量，使用的參數是scale_xxx_continous()，對于分類型變量，使用的是scale_xxx_discrete()。

2.3：theme函數

在theme函數中，與圖例有關的主要參數有：

標題主要有五種：主標題，副標題，角注，x軸標簽和y軸標簽

ggtitle()只能定義標題和副標題，默認的位置在左上角。

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內示例數據的格式，對自己的數據做處理

觀察結論：

觀察自己的兩個數據表：

table.legend 設置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發(fā)現跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現的癥結所在。

dotplot這個函數，多了個 label_format 參數

我們來看看這個參數究竟是干什么用的，看看參數說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節(jié)一下這個參數，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言可視化及作圖6--ggplot2之點圖、條形圖、盒形圖、直方圖、線圖

R語言繪圖系列：

標度控制著數據到圖形屬性的映射，標度將我們的數據轉化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標度也為我們提供了讀圖時所使用的工具，比如說坐標軸和圖例?？偟膩碚f，可以稱為引導元素。標度函數控制元素的屬性，可以理解為圖形的遙控器，可以用它來調整畫布大小、顏色等等。此前學的shape,color,size等參數和標度函數相比顯得不夠靈活。

scale_fill_brewer 調色板函數

geom_errorbar()

geom_crossbar()

geom_linerange() 繪制線段

geom_pointrange() 繪制點

pointrange：點畫線

首先繪制一張盒形圖

在圖上顯示出觀測值

值得注意的是，圖上點的多少并不能完全反應原始數據的多少，因為有的點可能因為點過于密集就會被覆蓋，看起來是一個點，其實可能是多個點。

因此可以使用geom_jitter函數將不同的點區(qū)分開（jitter是震蕩散點），width設置如果遇到相同的點，點向左右方平移的距離。alpha設置透明度。

黑色點是離群點

還可以繪制卡槽圖

varwidth參數會根據該水平下觀測值的個數（n值）改變盒形圖的寬度。（這里寬度去的不是觀測個數的絕對值，而是平方根，以縮小差距。）

給盒子上色

分組盒形圖，用不同顏色區(qū)分

畫水平的盒形圖

使用coord_flip函數（坐標軸翻轉函數）

繪制一張直方圖

bins可以設置直方圖條柱的數目，默認為30。當bins和binwidth（設置條柱寬度）同時設置時，默認以binwidth為準。

新加入變量cut，根據新變量在price水平上進行一個計數

y軸由count變?yōu)閐ensity，繪制概率密度

注意下面density的寫法，前后都要加..

繪制概率密度曲線：geom_density函數

堆棧密度概率曲線

geom_line/geom_path/geom_step

繪制一個簡單的線圖

繪制點線圖，點和線需要分別添加。

如上圖，線在點之上，是因為先投射了點，又投射了線。

先投射線，點就出現在了線之上。

線的顏色出現了漸變

geom_smooth函數：繪制擬合曲線

methods還有其他的方法，如glm：廣義線性模型；losses：純粹平滑；gam：廣義加性模型等等（lm和glm最常用）

geom_hline繪制水平線，geom_vline繪制垂直線。xintercept和yintercept是截距，slope是斜率。