今天就跟大家聊聊有關(guān)find_circ中如何識別環(huán)狀RNA，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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1. 比對參考基因組

官方的pipeline使用的是bowtie2軟件，代碼如下

bowtie2 -p16  \
--very-sensitive \
--score-min=C,-15,0 \
--mm \
-x hg19 -q  \
-1 R1.fastq.gz -2 R2.fastq.gz \
2> bowtie2.log  \
| samtools view -hbuS - \
| samtools sort - accepted_hits

最終生成了一個排序之后的bam文件，其實這一步選擇其他的比對軟件，比如hisat也是可以的，只需要產(chǎn)生bam文件就可以了。

2. 提取沒比上參考基因組的序列

采用samtools軟件提取沒比對上的序列，代碼如下

samtools view -hf 4 accepted_hits.bam | samtools view -Sb - > unmapped.bam

3.  從序列兩端提取錨點序列

代碼如下

unmapped2anchors.py unmapped.bam anchor.fq

4. 將錨點序列比對參考基因組

bowtie2 -p 16 \
--reorder  \
--mm \
--score-min=C,-15,0 \
-q -x human_bowtie2_index \
-U anchor.fq  \
-S align.sam

5. 預測circRNA

代碼如下

cat align.sam | find_circ.py  -G hg19.fa -p hsa_ > splice_sites.bed

結(jié)果如下所示

-p參數(shù)指定的是第四列內(nèi)容的前綴，建議指定為物種對應的三字母縮寫，需要注意的是，在sites.bed中同時包含了環(huán)狀RNA和線性RNA,環(huán)狀RNA的名稱用circ標識，線性RNA的名稱用norm標識。

6. 結(jié)果篩選

根據(jù)以下規(guī)則對結(jié)果進行篩選

1. 根據(jù)關(guān)鍵詞CIRCULAR篩選環(huán)狀RNA

2. 去除線粒體上的環(huán)狀RNA

3. 篩選unique junction reads數(shù)至少為2的環(huán)狀RNA

4. 去除斷裂點不明確的環(huán)狀RNA

5. 過濾掉長度大于100kb的circRNA,這里的100kb為基因組長度，直接用環(huán)狀RNA的頭尾相減即可

代碼如下

grep CIRCULAR splice_sites.bed | \
grep -v chrM | \        
awk '$5>=2' | \
grep UNAMBIGUOUS_BP | \
grep ANCHOR_UNIQUE | \
./maxlength.py 100000 \
> circ_candidates.bed

看完上述內(nèi)容，你們對find_circ中如何識別環(huán)狀RNA有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關(guān)內(nèi)容，請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。