做完聚類分析通?？梢赃x擇樹(shù)形圖來(lái)展示聚類分析的結(jié)果，之前公眾號(hào)也分享過(guò)一篇文章  R語(yǔ)言聚類樹(shù)圖小例子 如果樣本數(shù)不是很多，可以選擇矩形的樹(shù)狀圖。但是樣本數(shù)如果比較多，比如今天一位公眾號(hào)的讀者留言說(shuō)他有160多個(gè)樣本，這樣矩形的樹(shù)狀圖就會(huì)比較寬或者比較長(zhǎng)。這個(gè)時(shí)候就可以選擇用圓形的柱形圖來(lái)展示。

那么圓形的樹(shù)狀圖如何實(shí)現(xiàn)呢？我查找了一下相關(guān)資料。R語(yǔ)言包dendextend這個(gè)包可以實(shí)現(xiàn)，利用help(package="dendextend")查看幫助文檔，能夠看到其中的一個(gè)小例子

iris2<-iris[,-5]
species_labels<-iris[,5]
library(colorspace)
species_col<-rev(rainbow_hcl(3))[as.numeric(species_labels)]
d_iris<-dist(iris2)
hc_iris<-hclust(d_iris,method="complete")
iris_species<-rev(levels(iris[,5]))
iris_species
library(dendextend)
dend<-as.dendrogram(hc_iris)
dend <- color_branches(dend, k=3)

labels(dend) <- paste(as.character(iris[,5])[order.dendrogram(dend)],
                     "(",labels(dend),")",
                     sep = "")
circlize_dendrogram(dend)

 

但是這個(gè)后期美化起來(lái)好像不太方便。

還找到了一個(gè)參考鏈接是 http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介紹的也是 dendextend這個(gè)包的用法。

Y叔開(kāi)發(fā)的ggtree包時(shí)用來(lái)可視化進(jìn)化樹(shù)的，我隱約記得好像也可以用來(lái)畫聚類分析的樹(shù)狀圖。所以我搜索 ggtree show cluster result找到 http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter9.html 這個(gè)應(yīng)該是Y叔專門為ggtree寫的一本書。這里寫到直接將聚類分析的結(jié)果傳遞給ggtree()就可以，比如

library(ggtree)
hc <- hclust(dist(mtcars))
ggtree(hc)

這里我先用了 我之前在3.6.1版本上安裝的ggtree，是不可以的。應(yīng)該是需要更新到最新的ggtree版本。如何更新R包這里我沒(méi)有仔細(xì)研究。我直接安裝了R4.0.3，然后在這個(gè)R版本里安裝ggtree

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggtree")

這個(gè)時(shí)候再運(yùn)行上面提到的例子就可以直接得到結(jié)果

library(ggtree)
hc <- hclust(dist(mtcars))
ggtree(hc)

 

把樹(shù)的形狀改為圓形，添加樣本的名稱

ggtree(hc,layout = "circular")+
 geom_tiplab2(offset=10)+
 xlim(0,300)

 

鳶尾花數(shù)據(jù)集是150個(gè)樣本，用圓形的圖看下效果

df<-iris[,1:4]  
rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_")

hc<-hclust(dist(df))
library(ggtree)
help(package="ggtree")
ggtree(hc,layout="circular")+
 xlim(0,5)+
 geom_tiplab2(offset=0.1,
              size=2)+
 #geom_text(aes(label=node))+
 geom_highlight(node = 152,fill="red")+
 geom_highlight(node=154,fill="steelblue")+
 geom_highlight(node=155,fill="green")+
 geom_cladelabel(node=152,label="virginica",
                 offset=1.2,barsize = 2,
                 vjust=-0.5,color="red")+
 geom_cladelabel(node=154,label="versicolor",
                 offset=1.2,barsize = 2,
                 hjust=1.2,color="steelblue")+
 geom_cladelabel(node=155,label="setosa",
                 offset=1.2,barsize = 2,
                 hjust=-1,color="green")

最終的結(jié)果是