這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)STRING數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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研究蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)，有助于挖掘核心的調(diào)控基因，目前已經(jīng)有很多的蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫，而string絕對是其中覆蓋的物種最多，相互作用信息做大的一個，網(wǎng)址如下

https://string-db.org/

該數(shù)據(jù)庫的最新版本為version 10.5, 更新于2017年5月14號，存儲了2031個物種，9643763種蛋白，共1380838440個相互作用的信息。

通過官網(wǎng)提供的SEARCH功能，可以方便的檢索該數(shù)據(jù)庫，示意圖如下

可以利用蛋白的名稱，序列等多種格式進行檢索，需要注意的是，這里雖然顯示的是按照蛋白名稱檢索，其實你輸入基因sysmbol 也是可以的。

對于單個蛋白進行檢索，會給出于該蛋白相互作用的所有蛋白構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)，該功能更適用于對某個蛋白的相互作用進行探究，而一次輸入多個蛋白，只會給出輸入的蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)，更適用于挖掘輸入的蛋白之間的相互作用，比如輸入轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定到的所有差異基因，分析這些差異基因之間的相互作用。

檢索完成之后，會得到如下所示的結(jié)果

上述的網(wǎng)絡(luò)我們就稱之為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，protein-protein interaction network, 即PPI網(wǎng)絡(luò)。要看懂上面這張圖，需要理解以下兩個方面

1. 節(jié)點(node)

圖中每個節(jié)點表示一個蛋白，由于真核生物的可變剪切和轉(zhuǎn)錄后修飾，1個蛋白編碼基因可能會產(chǎn)生多個蛋白，這里將由同一個基因產(chǎn)生的不同isoform進行了合并，在節(jié)點上標(biāo)記的字母實際為對應(yīng)基因的gene symbol。

圖中有些節(jié)點內(nèi)部有螺旋狀的結(jié)構(gòu)，這表示該蛋白的三維結(jié)構(gòu)已知，如果未知的話，節(jié)點內(nèi)部為空。

默認(rèn)情況下節(jié)點的顏色分成紅色和白色，紅色代表是你的查詢蛋白，白色代表與查詢蛋白具有相互作用關(guān)系的其他蛋白。由于白色不太好看，string會根據(jù)與相互作用的score值對顏色進行映射。在Legend頁面，可以看到每個蛋白的顏色和對應(yīng)的score值，示意圖如下

2. 邊（edge）

節(jié)點之間的連線表示兩個蛋白之間的相互作用，不同顏色對應(yīng)不同的相互作用類型，示意如下

從圖中可以看到，兩個蛋白之間的連線不止一條，這表示兩個蛋白間存在多種相互作用關(guān)系。所有的相互關(guān)系中，既有實驗驗證的，也有數(shù)據(jù)預(yù)測的結(jié)果，所以看上去連線很多，非常復(fù)雜，這個可以通過結(jié)果頁面的Settings進行設(shè)置，只展示你感興趣的相互作用類型，示意圖如下

在Analysis頁面，對于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的基因，提供了GO和KEGG富集分析的結(jié)果，示意如下

在Exports頁面，可以導(dǎo)出相互作用網(wǎng)絡(luò)的圖片，支持PNG, SVG格式，也可以導(dǎo)出對應(yīng)的相互作用表格和蛋白序列，注釋等信息，示意如下

對于一個包含許多節(jié)點的蛋白質(zhì)相互網(wǎng)絡(luò)，還可以通過Cluster頁面來挖掘其中的子網(wǎng)sub  network， 或者也可以稱之為module, 本質(zhì)上是對基因進行聚類，屬于同一類的基因所構(gòu)成的相互作用網(wǎng)絡(luò)就是一個module, 示意如下

支持kmeans和MCL聚類，聚類的結(jié)果為TSV格式，從中可以看出哪些基因?qū)儆谕活悺?/p>

STRING數(shù)據(jù)庫提供了下載功能，由于整個數(shù)據(jù)庫非常大，所以可以選擇一個物種，然后下載該物種對應(yīng)的數(shù)據(jù)，示意如下

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