這篇文章主要講解了“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”，文中的講解內(nèi)容簡單清晰，易于學(xué)習(xí)與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學(xué)習(xí)“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”吧！
創(chuàng)新互聯(lián)公司服務(wù)項目包括呼中網(wǎng)站建設(shè)、呼中網(wǎng)站制作、呼中網(wǎng)頁制作以及呼中網(wǎng)絡(luò)營銷策劃等。多年來，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢、行業(yè)經(jīng)驗、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，呼中網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到呼中省份的部分城市，未來相信會繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！
數(shù)據(jù)庫文件下載鏈接
http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz
將數(shù)據(jù)庫文件下載到data文件夾下
這次使用wget命令成功下載，試著運(yùn)行軟件自帶數(shù)據(jù)成功
重慶分公司
重慶分公司
python emapper.py -i test/test_queries.fa --output out -m diamond --cpu 8
這個軟件是python2版本的，使用之前我先創(chuàng)建了一個python2的虛擬環(huán)境
conda create -n emapper python=2.7
conda activate emapper
以上是使用diamond做注釋，這個軟件還可以使用hmmer做注釋，印象里好像還得配置hmmer的數(shù)據(jù)庫。而且這個數(shù)據(jù)庫文件非常大，而且數(shù)據(jù)庫文件有好幾個，這里我先不嘗試了。
同時這個軟件還有一個在線版 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper
在線版運(yùn)行也很快，我之前試過兩萬多條蛋白序列，基本上一個晚上就能得到結(jié)果
軟件的詳細(xì)介紹
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83144768
感謝各位的閱讀，以上就是“eggnog-mapper軟件的安裝配置方法”的內(nèi)容了，經(jīng)過本文的學(xué)習(xí)后，相信大家對eggnog-mapper軟件的安裝配置方法這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是創(chuàng)新互聯(lián)，小編將為大家推送更多相關(guān)知識點(diǎn)的文章，歡迎關(guān)注！
