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在乳山等地區(qū)，都構(gòu)建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強(qiáng)發(fā)展的系統(tǒng)性、市場前瞻性、產(chǎn)品創(chuàng)新能力，以專注、極致的服務(wù)理念，為客戶提供網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站設(shè)計 網(wǎng)站設(shè)計制作按需開發(fā),公司網(wǎng)站建設(shè),企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),品牌網(wǎng)站建設(shè),成都營銷網(wǎng)站建設(shè),外貿(mào)營銷網(wǎng)站建設(shè),乳山網(wǎng)站建設(shè)費(fèi)用合理。

TADbit是一個hi-c數(shù)據(jù)分析的軟件，提供了從原始數(shù)據(jù)處理到染色質(zhì)三維模型構(gòu)建的完整功能，對應(yīng)的文章鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540598/

該軟件的pipeline如下圖所示

總體分成以下3個功能模塊

1. FASTQ

2. Interacton Matrix

3. 3D Models

第一個模塊從原始的fastq文件開始，對序列進(jìn)行質(zhì)量過濾，采用GEM軟件將clean reads比對參考基因組，然后進(jìn)行篩選，構(gòu)建原始的交互矩陣，并進(jìn)行歸一化處理，得到歸一化之后的交互矩陣。

第二個模塊用于可視化hi-c交互矩陣，并且可以在交互矩陣的基礎(chǔ)上，識別TAD拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域，對TAD進(jìn)行可視化，聚類等分析。

第三個模塊用于構(gòu)建染色質(zhì)三維構(gòu)象的模型，并進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析。

本文簡單整理下第二個模塊的具體用法，詳細(xì)步驟如下

1. 可視化hi-c矩陣

該軟件采用python進(jìn)行開發(fā)，采用了面向?qū)ο蟮木幊趟枷?，首先要做的就是?gòu)建一個object, 構(gòu)建的過程中需要對應(yīng)的hi-c交互矩陣, 軟件自帶的測試數(shù)據(jù)集包含了以下兩個hi-c矩陣

HIC_gm06690_chr19_chr19_100000_obs.txt
HIC_k562_chr19_chr19_100000_obs.txt

對應(yīng)GM06690和K562兩種細(xì)胞系19號染色體100kb分辨率下的交互矩陣?；谶@兩個交互矩陣構(gòu)建對象并可視化的代碼如下

可視化的效果圖如下

2.  預(yù)測TAD結(jié)構(gòu)域并可視化

有兩種可視化的策略，第一種是在hi-c的熱圖上用矩形標(biāo)記TAD區(qū)域，第二種稱之為density plot, 用法如下

熱圖標(biāo)記TAD之后的效果圖如下

density  plot的效果圖如下

3. TAD Alignment

將多個細(xì)胞或組織的TAD進(jìn)行比較，可以分析其位置是否具有保守性。用法如下

效果圖如下所示

TADbit的用法簡單，可視化效果也很棒，唯一的缺點(diǎn)就是安裝特別費(fèi)勁。

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