這篇文章給大家分享的是有關(guān)AmiGO2工具有什么用的內(nèi)容。小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過來看看吧。

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GO數(shù)據(jù)庫的信息是非常龐大的，為了有效的檢索和瀏覽GO數(shù)據(jù)庫的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的瀏覽，查詢和下載對應(yīng)信息，官網(wǎng)如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能，采用樹狀結(jié)構(gòu)，提供了GO的層級分類信息，示意圖如下

鼠標(biāo)單擊某個(gè)對應(yīng)的分類，會(huì)彈出如下對話框

點(diǎn)擊Term的鏈接，可以查看該層級下，所有的Gene Ontology 信息，而且可以下載，示意圖如下

通過樹狀瀏覽器，可以方便的根據(jù)功能對GO數(shù)據(jù)庫進(jìn)行篩選。

search功能，提供了3種數(shù)據(jù)的查詢方法

1. Annotations

2. Ontology

3. Genes and gene products

在檢索時(shí)，支持不同的篩選條件，而且可以自定義的下載數(shù)據(jù)。

1. Annotations

該頁面提供了物種的GO注釋信息，頁面如下

在頁面右側(cè)的菜單欄, 可以根據(jù)如下條件對結(jié)果進(jìn)行過濾

通過Download按鈕可以下載數(shù)據(jù)。

2. Ontology

該頁面可以對所有Go Tems進(jìn)行查詢和篩選，示意圖如下

目前共有44997個(gè)Go Tems, 在頁面右側(cè)的菜單欄，可以根據(jù)Ontology source和SubSet進(jìn)行篩選。

Ontology source 指的是GO的三大類型，通過+將對應(yīng)的條件添加到篩選條件中，目前，BP共有29682個(gè)Go Tems;MF共有11120個(gè)GO Terms;CC 共有4195個(gè)Go Tems。

Subset 代表Go slim, 指的是Go 數(shù)據(jù)庫的子集，可以根據(jù)研究物種的范圍篩選合適的Go skim。

篩選完成后，可以通過Custom DL下載對應(yīng)結(jié)果，一次最多下載100000條記錄。點(diǎn)擊下載按鈕，首先選擇需要下載的列，這里我選擇如下3列

得到的數(shù)據(jù)如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO編號，第二列描述信息，第三列分類，通過這種方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

3. Genes and gene products

該頁面提供了基因產(chǎn)物和GO之間的對應(yīng)關(guān)系，示意如下

在頁面右側(cè)的菜單欄, 可以根據(jù)如下條件對結(jié)果進(jìn)行過濾

除了以上基本功能外，AmiGO2 還提供了很多實(shí)用的小工具，比如Visuzlize功能，可視化的展示某個(gè)Go Terms 在整個(gè)GO 數(shù)據(jù)庫中的位置。

在輸入框輸入GO編號就行了，示意結(jié)果如下

會(huì)畫出輸入的Go Terms到根節(jié)點(diǎn)的結(jié)構(gòu)，更多的功能請移步官網(wǎng)。

感謝各位的閱讀！關(guān)于“AmiGO2工具有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識(shí)，如果覺得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！