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library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
x=rnorm(1000),
y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
panel.fun = function(x,y){
circos.axis()
})
for(i in 1:6){
highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()
這里遇到一個(gè)問題是
circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
為什么circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
沒有新創(chuàng)建一圈呢?
第二個(gè)問題是:
circos.text()函數(shù)的兩個(gè)參數(shù)
CELL_META$xcenter
CELL_META$ycenter
是哪里來的呀?如果我想把文本放在每個(gè)單元格的中間是固定用這兩個(gè)參數(shù)就可以嗎?
另外的參數(shù)
sector.index
track.index
到此,關(guān)于“R語言怎么實(shí)現(xiàn)circlize包畫圈圖”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了,希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí),快去試試吧!若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識,請繼續(xù)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站,小編會繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬?shí)用的文章!