今天就跟大家聊聊有關PhenoGram可視化染色體上的信息是怎樣的，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。
創(chuàng)新互聯(lián)建站服務項目包括青縣網(wǎng)站建設、青縣網(wǎng)站制作、青縣網(wǎng)頁制作以及青縣網(wǎng)絡營銷策劃等。多年來，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術優(yōu)勢、行業(yè)經(jīng)驗、深度合作伙伴關系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，青縣網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會效益與經(jīng)濟效益。目前，我們服務的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到青縣省份的部分城市，未來相信會繼續(xù)擴大服務區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！
BioData Mining
大類生物4區(qū)
小類數(shù)學與計算生物學3區(qū)
影響因子1.912
發(fā)表年份2013
完成單位 The Pennsylvania State University The Huck Institutes of the Life Sciences
論文本地文件名稱 1756-0381-6-18.pdf
這個工具的基本功能是：可視化展示某些特征在染色體上的位置，比如snp、基因等?？梢钥聪萝浖倬W(wǎng)提供的一些例子 http://visualization.ritchielab.org/phenograms/examples
目前我用到的可能是展示某個基因家族所有基因在染色體上的分布情況。
軟件的幫助文檔
http://visualization.ritchielab.org/phenograms/document 這個軟件可以在線使用，也可以下載到本地使用，在線使用還挺方便的，本地使用的方法暫時還沒有探索，本地下載鏈接
https://ritchielab.org/software/phenogram-downloads
在線使用鏈接
http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot
如果我想畫某個基因家族在染色體上的分布的話 最基本的使用需要準備兩個輸入文件，文件用tab鍵分割
示例文件
重慶分公司
重慶分公司
ID size
1 10000
2 12000
3 11000
4 10500
示例文件
gene chr pos phenotype ethnicity
1 1 1049 Gene1 Family1
2 1 2049 Gene2 Family1
3 1 3049 Gene3 Family1
4 1 4604 Gene4 Family1
5 1 5604 Gene5 Family1
6 1 6604 Gene6 Family1
7 2 4302 Gene7 Family2
8 2 5302 Gene8 Family2
9 2 6302 Gene9 Family2
10 2 7042 Gene10 Family3
11 2 8042 Gene11 Family3
12 2 9042 Gene12 Family3
13 3 1049 Gene13 Family3
22 3 2049 Gene22 Family4
32 3 3049 Gene32 Family4
42 3 4604 Gene42 Family4
52 3 5604 Gene52 Family4
62 3 6604 Gene62 Family5
72 4 4302 Gene72 Family5
82 4 5302 Gene82 Family5
92 4 6302 Gene92 Family5
102 4 7042 Gene102 Family5
112 4 8042 Gene112 Family5
122 4 9042 Gene122 Family5
第一行是列名不能變
鏈接
http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot
input file 上傳基因家族位置信息
Title 自己寫，會展示在圖片的上方
Genome選other，然后上傳自己準備的染色體信息
Phenotype spacing 和 Phenotype color 有三個選項，可以自己分別試一試
圖片格式三個可選，分別是jpg,png和pdf
Zoom options 和Additional options暫時不管
直接點plot就可以了
最終的結(jié)果
看完上述內(nèi)容，你們對PhenoGram可視化染色體上的信息是怎樣的有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內(nèi)容，請關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。
