這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)CNCI工具有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

創(chuàng)新互聯(lián)公司成立以來不斷整合自身及行業(yè)資源、不斷突破觀念以使企業(yè)策略得到完善和成熟，建立了一套“以技術(shù)為基點，以客戶需求中心、市場為導(dǎo)向”的快速反應(yīng)體系。對公司的主營項目，如中高端企業(yè)網(wǎng)站企劃 / 設(shè)計、行業(yè) / 企業(yè)門戶設(shè)計推廣、行業(yè)門戶平臺運營、重慶APP開發(fā)、成都做手機網(wǎng)站、微信網(wǎng)站制作、軟件開發(fā)、多線服務(wù)器托管等實行標(biāo)準(zhǔn)化操作，讓客戶可以直觀的預(yù)知到從創(chuàng)新互聯(lián)公司可以獲得的服務(wù)效果。

CPC是一款使用率非常高的lncRNA預(yù)測軟件，但是它也存在一些問題。利用二代測序得到的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，我們組裝得到的轉(zhuǎn)錄本往往是不完整的，基于非全長的轉(zhuǎn)錄本去預(yù)測lncRNA，如果這個lncRNA和蛋白編碼基因存在overlap,那么很容易造成誤判；其次對于沒有物種注釋的物種，其效果也很差。

為了克服上述問題，研究人員開發(fā)出了一款新的工具CNCI, 和CPC不同，該軟件基于三聯(lián)體堿基的構(gòu)成來區(qū)分coding和noncoding轉(zhuǎn)錄本，論文發(fā)表在Nucleic Acids Research上，網(wǎng)址如下

https://academic.oup.com/nar/article/41/17/e166/2411728

三聯(lián)體堿基指的就是三個連續(xù)的堿基，和密碼子類似，稱之為ANT, 該軟件利用人和小鼠的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)，構(gòu)建了一個支持向量機的模型，用于對脊椎動物進行分類，示意如下

對于不同長度的轉(zhuǎn)錄本序列，和其他軟件的性能比較如下

可以看到CNCI在各個長度區(qū)間性能都比較好。該軟件的源代碼保存在github上，網(wǎng)址如下

https://github.com/www-bioinfo-org/CNCI

安裝方式如下

git clone git@github.com:www-bioinfo-org/CNCI.git
cd CNCI
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make

CNCI的執(zhí)行腳本是采用python開發(fā)的，直接用就可以的，但是該軟件依賴libsvm, 所以需要安裝這個庫文件。基本用法如下

python CNCI.py \
-f transcript.fasta \
-o test \
-m ve \
-p 8 \

-f指定轉(zhuǎn)錄本序列文件，可以是fasta格式，也可以是gtf格式，如果是gtf格式，需要同時指定-g和-d參數(shù);-p參數(shù)指定并行的CPU個數(shù);-m指定使用的模型,ve代表脊椎動
物，p代表植物；-o指定輸出結(jié)果的目錄。

在結(jié)果目錄下，有一個名為CNCI.index的文件，內(nèi)容示意如下

第二列表明轉(zhuǎn)錄本的分類結(jié)果。更多用法和詳細信息請參考官方文檔。

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