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驅動基因的識別是腫瘤基因組學研究中的一項重要內容,NCG是一個腫瘤驅動基因的數(shù)據(jù)庫,目前最新版本為v6.0, 網(wǎng)址如下
http://ncg.kcl.ac.uk/index.php
共收錄了2372個驅動基因,分成以下兩個部分
711 Known cancer genes
1661 Candidate cancer genes
對于每個基因,提供了多種注釋信息,以PTEN
為例,包含以下幾個部分的注釋信息
提供了基因在NCBI, Ensembl, Uniprot等數(shù)據(jù)庫的鏈接,同時也提供了蛋白結構域SMART, 體細胞突變COSMC,相關疾病OMIM
等數(shù)據(jù)庫的鏈接,示意如下
提供了該基因相關的腫瘤信息,以COSMIC數(shù)據(jù)庫和對應的pubmed文獻鏈接的形式查看,示意如下
提供了該基因在不同物種間的同源信息,示意如下
提供了來自以下兩個數(shù)據(jù)庫中的基因表達量信息
GTEx
HPA
提供了來自HPA數(shù)據(jù)庫中的蛋白質表達量信息,結果示意如下
提供了來自以下3個數(shù)據(jù)庫的功能注釋
KEGG
Reactome
BioCarta
結果示意如下
通過blat比對的方式鑒定在該基因在基因組上的同源區(qū)域,結果示意如下
利用BioGRID, MIntAct, DIP, HPRD, Reactome等數(shù)據(jù)庫,提供了該基因與其他基因的互作網(wǎng)絡,由蛋白互作和蛋白復合體兩部分構成,結果示意如下
提供了來自CCLE數(shù)據(jù)庫的基因表達量信息,結果示意如下
利用PICKLES, OGEE數(shù)據(jù)庫對基因的重要程度進行評分,結果示意如下
利用miRTarBase, miRecords 數(shù)據(jù)庫中的miRNA靶基因信息,提供了該基因與miRNA的調控網(wǎng)絡,結果示意如下
通過該數(shù)據(jù)庫,可以快速檢索腫瘤的驅動基因,并對基因的各種注釋信息進行查看和分析。
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