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NCG是什么數(shù)據(jù)庫

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驅動基因的識別是腫瘤基因組學研究中的一項重要內容,NCG是一個腫瘤驅動基因的數(shù)據(jù)庫,目前最新版本為v6.0, 網(wǎng)址如下

http://ncg.kcl.ac.uk/index.php

共收錄了2372個驅動基因,分成以下兩個部分

  1. 711 Known cancer genes

  2. 1661 Candidate cancer genes

對于每個基因,提供了多種注釋信息,以PTEN為例,包含以下幾個部分的注釋信息

1. General information

提供了基因在NCBI, Ensembl, Uniprot等數(shù)據(jù)庫的鏈接,同時也提供了蛋白結構域SMART, 體細胞突變COSMC,相關疾病OMIM等數(shù)據(jù)庫的鏈接,示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

2.  Cancer Information

提供了該基因相關的腫瘤信息,以COSMIC數(shù)據(jù)庫和對應的pubmed文獻鏈接的形式查看,示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

3. Orthology

提供了該基因在不同物種間的同源信息,示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

4. Gene Expression in Normal Tissues

提供了來自以下兩個數(shù)據(jù)庫中的基因表達量信息

  1. GTEx

  2. HPA

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

5. Protein Expression in Normal Tissues

提供了來自HPA數(shù)據(jù)庫中的蛋白質表達量信息,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

6. Protein Function

提供了來自以下3個數(shù)據(jù)庫的功能注釋

  1. KEGG

  2. Reactome

  3. BioCarta

結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

7. Duplicablity

通過blat比對的方式鑒定在該基因在基因組上的同源區(qū)域,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

8. Network Properties

利用BioGRID, MIntAct, DIP, HPRD, Reactome等數(shù)據(jù)庫,提供了該基因與其他基因的互作網(wǎng)絡,由蛋白互作和蛋白復合體兩部分構成,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

9. Gene Expression in Cancer Cell Lines

提供了來自CCLE數(shù)據(jù)庫的基因表達量信息,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

10. Gene Essentiality

利用PICKLES, OGEE數(shù)據(jù)庫對基因的重要程度進行評分,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

11. miRNA-Gene interactions

利用miRTarBase, miRecords 數(shù)據(jù)庫中的miRNA靶基因信息,提供了該基因與miRNA的調控網(wǎng)絡,結果示意如下

NCG是什么數(shù)據(jù)庫

通過該數(shù)據(jù)庫,可以快速檢索腫瘤的驅動基因,并對基因的各種注釋信息進行查看和分析。

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網(wǎng)站題目:NCG是什么數(shù)據(jù)庫
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