這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)FastTree軟件有什么用,小編覺得挺實(shí)用的,因此分享給大家做個(gè)參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
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FastTree 是基于最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹的軟件,它最大的特點(diǎn)就是運(yùn)行速度快,支持幾百萬條序列的建樹任務(wù)。官方的說法是,對于大的比對數(shù)據(jù)集,F(xiàn)astTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官網(wǎng)如下
http://www.microbesonline.org/fasttree/
FastTree 支持核酸和蛋白的進(jìn)化樹構(gòu)建,對于核酸,可選的替換模型包括以下幾種
JC
GTR
默認(rèn)的模型為JC。
對于蛋白質(zhì),可選的替換模型包括以下幾種
JTT
LG
WAG
默認(rèn)的模型為JTT。
利用不同的測試數(shù)據(jù)集,比較了fastTree 不同替換模型和RAxML, PhyML 運(yùn)行速度的差異。結(jié)果如下
對于蛋白序列而言,F(xiàn)astTree 的運(yùn)行速度比其他兩款軟件快了1000多倍,而且對于幾萬條序列的比對,其他兩款軟件的運(yùn)行時(shí)間太久,超過了可以忍受的范圍;對于核酸序列而言,默認(rèn)的JC模型的速度最快, GTR模型速度少稍差一籌,其他兩款軟件同樣運(yùn)行速度慢的不行。
FastTree 除了運(yùn)行速度快之外,準(zhǔn)確度也令人滿意,比較的結(jié)果如下
對于幾萬條的核酸序列,只有FastTree, NJ, Clearcut 這3個(gè)軟件有結(jié)果,而FastTree 的準(zhǔn)確度是最高的,從此可以看出,對于幾萬條核酸序列的進(jìn)化樹分析,F(xiàn)astTree 是最佳選擇之一;對于蛋白序列,在可以運(yùn)行出結(jié)果的前提下,F(xiàn)astTree 的準(zhǔn)確度相比RAxML, PhyML 都稍差一點(diǎn)。
綜合運(yùn)行速度和建樹的準(zhǔn)確性,F(xiàn)astTree 都是最佳的進(jìn)化樹構(gòu)建軟件之一。
我們可以直接從官網(wǎng)下載可執(zhí)行文件
FastTree要求輸入的多序列比對結(jié)果為FASTA或者Phylip格式,對于蛋白質(zhì)的進(jìn)化樹構(gòu)建,基本用法如下
FastTree protein.fasta > tree
也可以選擇LG或者WAG替換模型,用法如下
FastTree -lg protein.fasta > tree FastTree -wag protein.fasta > tree
對于核酸序列,基本用法如下
FastTree -nt nucleotide.fasta > tree
也可以選擇GTR替換模型,用法如下
FastTree -nt -gtr nucleotide.fasta > tree
默認(rèn)生成的tree 文件是 Newick格式, 可以導(dǎo)入 figTree 或者 TreeViewer等軟件中進(jìn)行查看。
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