本篇文章給大家分享的是有關tagAlign格式怎么在MACS軟件中的運用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

目前累計服務客戶上1000+，積累了豐富的產(chǎn)品開發(fā)及服務經(jīng)驗。以網(wǎng)站設計水平和技術實力，樹立企業(yè)形象，為客戶提供網(wǎng)站設計、做網(wǎng)站、網(wǎng)站策劃、網(wǎng)頁設計、網(wǎng)絡營銷、VI設計、網(wǎng)站改版、漏洞修補等服務。創(chuàng)新互聯(lián)始終以務實、誠信為根本，不斷創(chuàng)新和提高建站品質，通過對領先技術的掌握、對創(chuàng)意設計的研究、對客戶形象的視覺傳遞、對應用系統(tǒng)的結合，為客戶提供更好的一站式互聯(lián)網(wǎng)解決方案，攜手廣大客戶，共同發(fā)展進步。

在使用macs進行peak calling時，除了輸入樣本對應的BAM/SAM文件之外，還可以輸入BED文件。BAM文件我們都非常 熟悉，將序列比對到基因組之后就可以產(chǎn)生這樣的文件，各個比對軟件也支持輸出BAM/SAM格式。這種格式的文件記錄了序列的比對情況，根據(jù)這個文件可以計算出基因組上的測序深度分布，從而比較不同樣本的分布進行peak calling, 那么BED文件又是怎么一回事呢？

在BAM文件中，最核心的信息是序列和基因組區(qū)域的對應關系，即那些序列比對上了基因組上的哪些區(qū)域，這個信息通過BED格式也是可以來記錄的。在bedtools中也提供了bamtobed的功能，基本用法如下

bedtools  bamtobed -i input.bam > out.bed

輸出內容示意如下

前三列表示reads比對上的染色體位置，第四列為reads的名稱，第五列代表比對的質量值MAPQ,第六列代表正負鏈信息。

這種6列的BED文件在ENCODE被命名為tagAlign格式，詳細解釋參見如下鏈接

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format13

對于雙端測序的數(shù)據(jù)，還有一個特殊的bed格式-bedpe, 用法如下

bedtools  bamtobed  -i input.bam  -bedpe > out.bed

內容示意如下

bedpe格式在一行中顯示了R1和R2兩個reads的比對情況，列數(shù)為10列。
對于單端序列。直接用bed格式就可以；對于雙端學歷，推薦用bedpe格式。這兩種格式都可以稱之為tagAlign，可以作為macs的輸入文件，用法如下

macs2 callpeak \
-t ip.bedpe \
-c input.bedpe \
--outdir out_dir \
-n chip \
-g hs

tagAligen格式相比bam，文件大小會小很多，更加方便文件的讀取。

以上就是tagAlign格式怎么在MACS軟件中的運用，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。