這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)SMART數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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SMART是蛋白結(jié)構(gòu)域的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫最新版本為v8,收錄了1300多個蛋白結(jié)構(gòu)域信息，覆蓋了來自uniprot, ensembl等多個數(shù)據(jù)庫的蛋白。官網(wǎng)如下

http://smart.embl-heidelberg.de/

該數(shù)據(jù)庫有以下兩種模式

1. normal

2. genomic

normal模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白質(zhì)信息，這些蛋白序列是存在冗余的，genomic模式下只包含了擁有完整蛋白質(zhì)組的物種的信息。

兩種模式可以通過SETUP菜單進(jìn)行切換，通過顏色可以辨別所處的模式，示意如下

通過右上角的Search SMART按鈕，可以檢索該數(shù)據(jù)庫，支持以下蛋白名稱和domain兩種檢索方式。

輸入uniprot或者ensembl 數(shù)據(jù)庫中的蛋白ID進(jìn)行檢索，示例如下，根據(jù)uniprot數(shù)據(jù)庫中的蛋白IDC1S_HUMAN進(jìn)行檢索

http://smart.embl-heidelberg.de/smart/show_motifs.pl?ID=C1S_HUMAN

檢索頁面包含如下結(jié)果

1.  domian 結(jié)構(gòu)圖

從圖中，可以看出，該蛋白質(zhì)包括以下5種domain

1. CUB

2. EGF_CA

3. CCP

4. Tryp_SPc

還提供了每個結(jié)構(gòu)域的位置信息

2. 蛋白質(zhì)相互作用

提供了來自STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白相互作用信息，示意如下

3.  pathway 信息

提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 兩個數(shù)據(jù)庫的通路注釋信息，示意如下

4. orthology group 注釋

提供了來自eggNOG數(shù)據(jù)庫的注釋信息，示意如下

5. 轉(zhuǎn)錄后修飾

提供了來自PTM數(shù)據(jù)庫的轉(zhuǎn)錄后修飾信息，示意如下

按照domain進(jìn)行檢索，示例如下，根據(jù)domian名稱CUB進(jìn)行檢索。對于每個domain, 采用SM開頭的編號唯一標(biāo)識，同時提供了和其他數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)信息，還支持下載多序列比對的結(jié)果。