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DNA甲基化作為表觀遺傳的一種重要標記，在基因表達調(diào)控中發(fā)揮重要作用，已有研究表明，位于啟動子區(qū)的甲基化會抑制基因表達。結合甲基化數(shù)據(jù)和基因表達譜數(shù)據(jù)，可以更好的分析甲基化的調(diào)控功能。

通過TCGAbiolinks不僅僅可以對某種類型的數(shù)據(jù)進行分析，還可以進行多組學數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析，DNA甲基化和基因表達譜數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析過程如下

1. 甲基化芯片數(shù)據(jù)

以腎上腺皮質(zhì)癌為例，首先從TCGA數(shù)據(jù)庫下載450K甲基化芯片的數(shù)據(jù)，分析后得到差異甲基化位點

差異甲基化位點的火山圖結果如下

2. 基因表達譜數(shù)據(jù)

首先下載數(shù)據(jù)

然后進行差異分析，代碼如下

差異基因火山圖的繪制代碼如下

效果圖如下所示

3. 聯(lián)合分析

starburst plot是聯(lián)合分析最常用的可視化方法，代碼如下

生成的效果圖如下

這里采用了差異分析的FDR值來繪制圖片，其他文章中也有采用fold change來繪制該圖的，因為根據(jù)fold change的大小更好判斷差異表達的趨勢，根據(jù)FDR值只能判斷是否顯著差異。

在DNA甲基化和基因表達譜的聯(lián)合分析中，鑒于DNA甲基化抑制基因表達的思想，通常關注二者間為負相關的位點，即甲基化下調(diào)而基因上調(diào)，甲基化下調(diào)基因上調(diào)的相關位點。在上圖中，顯著差異且存在負相關的位點用圓圈進行了標注。

通過TCGAbiolinks可以輕松實現(xiàn)DNA甲基化和基因表達譜數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析，美中不足的是它的starburst plot沒有采用常用的fold change來繪制。

到此，相信大家對“如何使用TCGAbiolinks進行甲基化和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的聯(lián)合”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關內(nèi)容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續(xù)學習！