今天就跟大家聊聊有關circPrimer中環(huán)狀RNA注釋和引物設計工具，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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根據(jù)RNA_seq數(shù)據(jù)預測環(huán)狀RNA的軟件很多，但是提供環(huán)狀RNA注釋的工具比較少。circPrimer是一款能夠進行環(huán)狀RNA注釋的軟件, 輸入環(huán)狀RNA的基因組位置，可以確定其來源基因，提取基因組和轉錄本序列，并設計引物用于驗證環(huán)狀RNA

該軟件提供了圖形界面，操作簡便，經典的應用場景如下

1. 環(huán)狀RNA注釋

如下所示，輸入環(huán)狀RNA的基因組區(qū)域，點擊Annotate按鈕，可以查看環(huán)狀RNA的來源基因和序列構成

選擇對應的基因組版本，通過circRNA SEQ可以提取環(huán)狀RNA對應的DNA/RNA序列。也支持輸入circBase中的環(huán)狀RNA ID或者來源基因gene symbol, 此時點擊circBase按鈕，會從該數(shù)據(jù)庫中檢索，并在右側面板給出對應的環(huán)狀RNA結果。

2. 環(huán)狀RNA可視化

鼠標點擊檢索出的環(huán)狀RNA，可以看到如下所示的可視化結果

3. 設計PCR引物

得到RNA序列之后，勾選Divergent primer和check primer單選框，可以查看對應的引物序列，結果如下所示

圖形界面的工具，操作更加簡便，缺點就是只適用于human這個物種的環(huán)狀RNA注釋。

看完上述內容，你們對circPrimer中環(huán)狀RNA注釋和引物設計工具有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。