今天就跟大家聊聊有關(guān)R語(yǔ)言中的MRPP分析是怎樣的，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。
平定ssl適用于網(wǎng)站、小程序/APP、API接口等需要進(jìn)行數(shù)據(jù)傳輸應(yīng)用場(chǎng)景，ssl證書未來(lái)市場(chǎng)廣闊！成為創(chuàng)新互聯(lián)的ssl證書銷售渠道，可以享受市場(chǎng)價(jià)格4-6折優(yōu)惠！如果有意向歡迎電話聯(lián)系或者加微信：028-86922220（備注：SSL證書合作）期待與您的合作！
無(wú)論是野外環(huán)境樣品，還是室內(nèi)試驗(yàn)樣品，一般我們都會(huì)設(shè)置樣方或平行樣來(lái)增強(qiáng)分析的準(zhǔn)確性，必要時(shí)還會(huì)進(jìn)行區(qū)組設(shè)計(jì)，因此在數(shù)據(jù)分析中需要進(jìn)行組間差異的比較判別。然而對(duì)于微生物群落數(shù)據(jù)，由于物種繁多，而且不同物種的敏感環(huán)境因子不同，因此基于正態(tài)分布的參數(shù)檢驗(yàn)難以滿足分析需要，要進(jìn)行多元非參數(shù)檢驗(yàn)（non-parametric multivariate statistical tests）來(lái)計(jì)算顯著性，R語(yǔ)言vegan包含有多種非參數(shù)檢驗(yàn)方法，包括Anosim、Adonis、MRPP等，不同方法在統(tǒng)計(jì)量的選擇、零模型等方面存在差異。
重慶分公司
重慶分公司
#讀取物種和環(huán)境因子信息data=read.csv("otu_table.csv", header=TRUE, row.names=1)envir=read.table("environment.txt", header=TRUE)rownames(envir)=envir[,1]env=envir[,-1]#篩選高豐度物種means=apply(data, 1, mean)otu=data[names(means[means>10]),]otu=t(otu)#計(jì)算距離矩陣library(vegan)dist=vegdist(otu, method="bray", diag=TRUE, upper=TRUE)#根據(jù)地理距離聚類kms=kmeans(env, centers=3, nstart=22)Position=factor(kms$cluster)#進(jìn)行MRPP分析mrpp=mrpp(dist, Position, permutations=999)mrpp 
#計(jì)算組間平均距離meandist(dist, Position)
dist=read.table("new.weighted.phylip.subsample.dist", header=FALSE)rownames(dist)=dist[,1]dist=dist[,-1]colnames(dist)=t(rownames(dist))dist=as.dist(dist, diag=TRUE)#進(jìn)行PCoA分析otu_pca=prcomp(dist, scal=FALSE)pc12=otu_pca$x[, 1:2]#檢驗(yàn)排序結(jié)果fish=c(rep("Bp", 10), rep("Ci", 10))mrpp2=mrpp(pc12, fish, distance="euclidean", permutations=999)mrpp2 看完上述內(nèi)容，你們對(duì)R語(yǔ)言中的MRPP分析是怎樣的有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。
