今天就跟大家聊聊有關(guān)R語言可視化STRING分析的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)報(bào)錯(cuò)的解決方法，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。
創(chuàng)新互聯(lián)主要業(yè)務(wù)有網(wǎng)站營銷策劃、做網(wǎng)站、網(wǎng)站制作、微信公眾號開發(fā)、重慶小程序開發(fā)公司、H5頁面制作、程序開發(fā)等業(yè)務(wù)。一次合作終身朋友，是我們奉行的宗旨；我們不僅僅把客戶當(dāng)客戶，還把客戶視為我們的合作伙伴，在開展業(yè)務(wù)的過程中，公司還積累了豐富的行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、網(wǎng)絡(luò)營銷推廣資源和合作伙伴關(guān)系資源，并逐漸建立起規(guī)范的客戶服務(wù)和保障體系。
R語言可視化STRING分析的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI）
有一些朋友留言說在重復(fù)
net<-graph_from_data_frame(d=links,vertices=nodes,directed = T)
遇到了報(bào)錯(cuò)
Error in graph_from_data_frame(d = links, vertices = nodes, directed = T) : Some vertex names in edge list are not listed in vertex data frame
在這里記錄一下原因和解決辦法
比如我的網(wǎng)絡(luò)是四個(gè)節(jié)點(diǎn)，分別是A,B,C,D,
節(jié)點(diǎn)之間兩兩連線
對應(yīng)的數(shù)據(jù)應(yīng)該是
重慶分公司
重慶分公司
> nodes<-data.frame(node=c("A","B","C","D"))
> edges<-data.frame(node1=c("A","A","A","B","B","C"),
+ node2=c("B","C","D","C","D","D"))
> nodes
node
1 A
2 B
3 C
4 D
> edges
node1 node2
1 A B
2 A C
3 A D
4 B C
5 B D
6 C D
接下來是可視化
library(ggraph)
library(igraph)
net<-graph_from_data_frame(d=edges,vertices = nodes,directed = F)
ggraph(net)+
geom_edge_link()+
geom_node_point()
但是如果你的edges文件里出現(xiàn)了nodes文件里沒有的節(jié)點(diǎn)，
比如我在向edges這個(gè)文件里添加一個(gè)C~E的邊
df<-data.frame(node1="C",node2="E")
edges1<-rbind(edges,df)
edges1
node1 node2
1 A B
2 A C
3 A D
4 B C
5 B D
6 C D
7 C E
接下來合并節(jié)點(diǎn)和邊的時(shí)候就會遇到報(bào)錯(cuò)
> net<-graph_from_data_frame(d=edges1,vertices = nodes,directed = F)
Error in graph_from_data_frame(d = edges1, vertices = nodes, directed = F) :
Some vertex names in edge list are not listed in vertex data frame
可以使用 %in% 來看
比如
> edges1$node1 %in% nodes$node
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
> edges1$node2 %in% nodes$node
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
> which(edges1$node2 %in% nodes$node)
[1] 1 2 3 4 5 6
> which(! edges1$node2 %in% nodes$node)
[1] 7
這就說明node2這一列第7行沒有在 nodes里。
那我們就可以把這一行刪掉了
df1<-data.frame(node="E")
nodes1<-rbind(nodes,df1)
nodes1
net<-graph_from_data_frame(d=edges1,vertices = nodes1,directed = F)
ggraph(net)+
geom_edge_link()+
geom_node_point()
關(guān)于string中蛋白互作網(wǎng)絡(luò)輸出文件為什么會出現(xiàn)
邊文件中有的節(jié)點(diǎn)不是我們自己輸入的基因id。這個(gè)我也不清楚。
我猜，完全是猜
比如你輸入基因 a,b,c ，數(shù)據(jù)庫中某個(gè)基因 d 剛好是鏈接這三個(gè)基因的中間點(diǎn) 就像這種，中間是d
那么最終的網(wǎng)絡(luò)文件中就會多出來d 如果是這種情況，就不能在邊文件刪除d而是只能在節(jié)點(diǎn)中添加d了。
看完上述內(nèi)容，你們對R語言可視化STRING分析的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)報(bào)錯(cuò)的解決方法有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關(guān)內(nèi)容，請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。
