小編給大家分享一下LncBook數(shù)據(jù)庫有什么用，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

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隨著lncRNA研究的發(fā)展，lncRNA的數(shù)量越來越多，但是擁有功能注釋的lncRNA只占了其中很小一部分。為了更好的開展lncRNA的功能研究，科學(xué)家收集文獻(xiàn)中人類lncRNA相關(guān)的數(shù)據(jù)，包括了表達(dá)量，相關(guān)疾病，甲基化位點(diǎn)，SNP位點(diǎn)，功能描述等信息，并整理成了數(shù)據(jù)庫LncBook, 網(wǎng)址如下

http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index

該數(shù)據(jù)庫中包含以下8種lncRNA相關(guān)信息

1. LncRNAs

共包含277044個lncRNA, 既有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的lncRNA,也有軟件預(yù)測的lncRNA，收集了來自Gencode, RefSeq, Noncode, Lncipedia, MiTranscriptome 等數(shù)據(jù)庫中的lncRNA, 在預(yù)測lncRNA時，采用了CPAT, PLEK, LGC3個軟件結(jié)果的交集。

這部分提供lncRNA的ID, 染色體位置，長度，外顯子個數(shù)，類型等基本信息，示意如下

2.  Featured LncRNAs

這部分只包含來自lncRNAWiki數(shù)據(jù)庫中的有功能注釋和文獻(xiàn)支持的lncRNA, 結(jié)果示意如下

3.  Function

這部分給出lncRNA的生物學(xué)功能注釋和參與的生物學(xué)過程，共包含以下5種類別的功能

1. transcriptional regulation

2. ceRNA

3. splicing regulation

4. protein localization

5. RNAi

示意如下

4. Diseases

這部分給出lncRNA相關(guān)的疾病信息，包括了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和預(yù)測兩種，實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的數(shù)據(jù)直接從lncRNADisease和lncRNAwiki這兩個數(shù)據(jù)庫得到，預(yù)測主要是結(jié)合了其他組學(xué)的數(shù)據(jù)，包括以下3種策略

1. 相比正常樣本，如果在腫瘤樣本中某個lncRNA啟動子區(qū)存在高甲基化區(qū)域，則認(rèn)為該lncRNA與疾病相關(guān)；

2. 如果某個lncRNA區(qū)域存在于疾病相關(guān)的SNP位點(diǎn)，則該lncRNA與疾病相關(guān)；

3. 如果某個lncRNA與5個以上與疾病相關(guān)miRNA(miRNA相關(guān)疾病信息來自HMDD數(shù)據(jù)庫)具有相互作用，則該lncRNA與疾病相關(guān)；

結(jié)果示意如下

5. Expression

通過分析HPA和GTEx兩個公共項目的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，給出lncRNA在各個組織中的FPKM表達(dá)量值，示意如下

通過分析在不同組織中的表達(dá)量，可以用于判斷組織特異性lncRNA還是管家lncRNA, 計算公式如下

N代表組織的個數(shù)，x代表每個組織中歸一化之后的表達(dá)量，這里的歸一化是將每個組織中的表達(dá)量除以所有組織中最大的表達(dá)量。

6. Methylation

通過分析TCGA和ENCODE數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，給出lncRNA相關(guān)的甲基化信息，示意如下

7. Variation

將dbSNP數(shù)據(jù)庫中的SNP位點(diǎn)映射到lncRNA上，同時提供了來自COSMIC和ClinVar數(shù)據(jù)庫的注釋信息，以及1000G中的頻率信息，結(jié)果示意如下

8. lncRNA與miRNA的相互作用

采用tagetScan和miRanda兩款軟件來預(yù)測lncRNA與miRNA的相互作用，取交集作為最終的結(jié)果，實(shí)驗(yàn)證據(jù)主要來自于starbase數(shù)據(jù)庫，結(jié)果示意如下

除此之外，還提供了一下4種工具

1. Blast

2. LGC

3. Classification

4. Conversion

Blast用于將輸入序列和數(shù)據(jù)庫中的lncRNA序列進(jìn)行比對，LGC用于分析序列的蛋白編碼潛能，預(yù)測lncRNA；Classification用于根據(jù)染色體位置對基因進(jìn)行分類，Conversion用于提供多個lncRNA數(shù)據(jù)庫中ID的轉(zhuǎn)換，結(jié)果示意如下

lncBook和lncRNAwiki是同一個開發(fā)團(tuán)隊，lncBook可以看做lncRNAwiki的升級版本。

看完了這篇文章，相信你對“LncBook數(shù)據(jù)庫有什么用”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！