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AMMI模型該怎么理解

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1. AMMI模型定義

AMMI的全稱:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。

AMMI通過從加性模型的殘差中分離模型誤差和干擾,提高估計(jì)的準(zhǔn)確度。并且借助于雙標(biāo)圖可以更直觀的描述和分析基因型與環(huán)境互作模式。

公式:

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2. 主成分意義

參考:
https://www.slideshare.net/BalajiThorat/ammi-model-for-stability-analysis

AMMI分析中,將GbyE分為很多主成分,一般分析時(shí)使用PC1和PC2。

注意, 只有AMMI模型中PC1和PC2達(dá)到顯著,AMMI模型分析才有意義。
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2.1 PC1

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一般來說,PC1是品種與環(huán)境互作中,品種對(duì)環(huán)境的響應(yīng)比例,可以理解為互作中環(huán)境的影響。

2.2 PC2

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PC2代表品種與環(huán)境互作中,可以理解為互作中不屬于環(huán)境影響的那一部分。

3. AMMI模型的兩個(gè)圖

AMMI模型分析中,一般做兩個(gè)圖:PC1 VS Means 和PC1 VS PC2。

3.1 PC1 VS Means

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這里X坐標(biāo)為品種的觀測值(產(chǎn)量),Y坐標(biāo)為
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  • 品種越靠右,說明品種產(chǎn)量越高

  • 地點(diǎn)越靠右,說明地點(diǎn)平均產(chǎn)量越高

  • 品種的y值越高或越低,說明互作效應(yīng)越強(qiáng)

  • 品種或地點(diǎn)的PC1分?jǐn)?shù)越接近于0,說明互作效應(yīng)越小

  • 品種與地點(diǎn)越接近,說明品種在該地點(diǎn)適應(yīng)性較好

3.2 PC1 VS PC2

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這里X坐標(biāo)為PC1,Y坐標(biāo)為PC2,通過這個(gè)圖,綜合考察基因與環(huán)境互作。

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這個(gè)圖,描述的是基因與環(huán)境互作,但是沒有考慮到G,只是顯示的GbyE,GGE雙標(biāo)圖的出現(xiàn),考察基因與環(huán)境互作,GGE更好。

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