這篇文章給大家分享的是有關(guān)如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖的內(nèi)容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
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一 載入數(shù)據(jù)集和R包
利用各種生信工具得到富集分析結(jié)果，數(shù)據(jù)列可能不一致，但關(guān)鍵幾列都有。
重慶分公司
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library(ggplot2)data <- read.csv("GO_enrichment_significant.csv",header=TRUE)head(data) 
二 對上述GO結(jié)果繪制基礎(chǔ)bar圖
參照之前ggplot2使用方法，更改geom即可繪制簡單的bar圖，按照GO_category分組顏色
ggplot(data=data, aes(x=GO_term,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8)
可看出和文獻(xiàn)中的差距較大，體現(xiàn)在以下幾個方面：
A：標(biāo)題，坐標(biāo)軸“業(yè)余”；
B：GO_category順序未按照輸入文件，相同GO_category沒在一起；
C：橫坐標(biāo)label太長，重疊在一起。
三 “細(xì)節(jié)”調(diào)整GO結(jié)果bar圖
3.1 坐標(biāo)軸調(diào)整策略
#將GO_term設(shè)定為factor即可按照順序輸出GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=data$GO_term)ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8) + coord_flip() + xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + theme_bw() 
好像有一點能看了，嘗試其他策略。
3.2 調(diào)整橫坐標(biāo)label策略
將label調(diào)整成一定角度傾斜
COLS <- c("#66C3A5", "#8DA1CB", "#FD8D62")ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8) + scale_fill_manual(values = COLS) + theme_bw() + xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + labs(title = "The Most Enriched GO Terms")+ theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 )) 
嗯 ，標(biāo)簽太長溢出，采取保留GO-term的前三個單詞（可以其他策略）后面...代替，可以excel或者R function 解決。
3.3 調(diào)整label長度后繪圖
GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=labels)COLS <- c("#66C3A5", "#8DA1CB", "#FD8D62")ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) +geom_bar(stat="identity", width=0.8) +scale_fill_manual(values = COLS) + theme_bw() +xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + labs(title = "The Most Enriched GO Terms")+ theme(axis.text.x=element_text(face = "bold", color="gray50",angle = 70,vjust = 1, hjust = 1 ))
感謝各位的閱讀！關(guān)于“如何利用R語言的ggplot2包繪制GO富集柱形圖”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
