本篇文章為大家展示了methylKit是進(jìn)行差異甲基化分析，內(nèi)容簡明扼要并且容易理解，絕對能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

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methylKit 是一個用于分析甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測序，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點和區(qū)域的注釋。

安裝過程如下:

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“)
biocLite(“methylKit”)

推薦使用最新版本的R進(jìn)行安裝，這樣可以使用最新版本的methylKist。
利用methylKit 做差異分析包括3步

1. 讀取原始數(shù)據(jù)

每個樣本一個原始數(shù)據(jù)，methylKit支持兩種格式的methylation calling文件

• 純文本格式

  內(nèi)容如下

每一行是一個甲基化位點，coverage 代表覆蓋這個位點的reads數(shù)，freqC 代表甲基化C的比例，freqT 代表非甲基化C的比例。這種純文本格式內(nèi)容非常直觀，文件大小相比bam 文件小很多，讀取的速度更快。
純文本格式的讀取過程如下

treatment參數(shù)指定樣本的分組，0代表control組，1代表treatment組

• bam文件

直接讀取Bismark軟件比對產(chǎn)生的bam文件，通過processBismarkAln實現(xiàn)
用法如下：

2. 合并所有樣本的數(shù)據(jù)

將所有樣本的甲基化情況合并，得到所有樣本的甲基化表達(dá)譜，用法如下

meth=unite(myobj, destrand=FALSE)

meth 中的內(nèi)容如下，其實就是之前的methylation calling文件的合并

在合并的過程中，默認(rèn)情況下，只有所有的樣本都包含該位點時，才會保留，本質(zhì)就是取的所有樣本的交集，如果你想要取并集，可以修改min.per.group參數(shù)的值，該參數(shù)的值代表每組中至少有多少個樣本覆蓋該位點時才保留，如果設(shè)置為1，就是取并集。

meth.min=unite(myobj,min.per.group=1L)

3. 執(zhí)行差異分析

通過calculateDiffMeth函數(shù)來執(zhí)行差異甲基化分析，用法如下

myDiff=calculateDiffMeth(meth)

根據(jù)甲基化C是變多了還是變少了，可以將差異甲基化的結(jié)果分為兩大類：

1. hypermethylated

2. hypomethylated

hypermethylated表示相比control組，treatment組中的甲基化C更多；hypomethylated則相反，表示treatment組中的甲基化C比control組中少。
采用getMethylDiff函數(shù)提取差異分析的結(jié)果，用法如下

difference函數(shù)表明差異的閾值，只有差異大于該閾值時，才會保留，起始就是meth.diff的值，注意是絕對值大于difference的值。

除了difference閾值之外，還有qvalue閾值，小于該閾值的結(jié)果保留。在methylKit中，校正p值采用的是SILM算法，和我們常規(guī)的BH算法不同。
type參數(shù)定義差異的類型，如果你只關(guān)注hypermethylated或者hypomethylated，可以設(shè)置type 參數(shù)的值，單獨篩選。

在methylKit中，它的差異分析總是針對合并后的甲基化表達(dá)譜，如果你的甲基化表達(dá)譜每一行是一個甲基化位點，那么差異分析的結(jié)果就是差異甲基化位點；如果你的表達(dá)譜每一行是一個甲基化區(qū)域，那么差異分析的結(jié)果就是差異甲基化區(qū)域。上面的例子都是針對差異甲基化位點的，下面看下差異甲基化區(qū)域的分析。

首先遇到的問題就是甲基化區(qū)域如何界定，在methylKit中，按照滑動窗口的方式定義甲基化區(qū)域，默認(rèn)窗口大小為10000 bp ，步長為10000bp,通過tileMethylCounts函數(shù)實現(xiàn)。

完整的差異甲基化區(qū)域分析的代碼如下：

上述內(nèi)容就是methylKit是進(jìn)行差異甲基化分析，你們學(xué)到知識或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識儲備，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。