本篇文章給大家分享的是有關(guān)怎么理解ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家學(xué)習(xí)，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話(huà)不多說(shuō)，跟著小編一起來(lái)看看吧。

創(chuàng)新互聯(lián)服務(wù)項(xiàng)目包括興慶網(wǎng)站建設(shè)、興慶網(wǎng)站制作、興慶網(wǎng)頁(yè)制作以及興慶網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷(xiāo)策劃等。多年來(lái)，我們專(zhuān)注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢(shì)、行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，興慶網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會(huì)效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶(hù)以成都為中心已經(jīng)輻射到興慶省份的部分城市，未來(lái)相信會(huì)繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶(hù)的支持與信任！

和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)類(lèi)似，ArrayExpress是屬于EBI旗下的公共數(shù)據(jù)庫(kù)，用于存放芯片和高通量測(cè)序的相關(guān)數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)來(lái)源于下圖所示的兩個(gè)部分

第一部分是由科研工作者提交的數(shù)據(jù)，第二部分是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)自動(dòng)導(dǎo)入的數(shù)據(jù)，在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，數(shù)據(jù)以實(shí)驗(yàn)experiments為單位，每個(gè)實(shí)驗(yàn)對(duì)應(yīng)一個(gè)唯一的編號(hào)，如下圖所示

第一列的Accession代表每個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)的編號(hào)，Assays表示該實(shí)驗(yàn)對(duì)應(yīng)的樣本總數(shù)，Raw代表原始數(shù)據(jù)。當(dāng)前版本數(shù)據(jù)量如下

通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以

1. 檢索數(shù)據(jù)，根據(jù)關(guān)鍵字，編號(hào)等查找感興趣的數(shù)據(jù)集

2. 下載數(shù)據(jù)，基于公共數(shù)據(jù)進(jìn)行分析挖掘

3. 提交數(shù)據(jù)，上傳自己的數(shù)據(jù)到該數(shù)據(jù)庫(kù)中

點(diǎn)擊每個(gè)實(shí)驗(yàn)編號(hào)，可以顯示詳細(xì)信息，示意如下

紅框標(biāo)記的部分是通常會(huì)關(guān)注的3個(gè)部分，第一部分展示該實(shí)驗(yàn)包含的樣本的詳細(xì)信息，點(diǎn)擊之后可以查看樣本相關(guān)的metadata, 示意如下

第二部分用于下載數(shù)據(jù)，第三部分用于將該結(jié)果導(dǎo)入到其他軟件，比如GenomeSpace中進(jìn)行分析和查看。

除了下載和分析公共數(shù)據(jù)集，也可以上傳自己的數(shù)據(jù)到該數(shù)據(jù)庫(kù)。除了宏基因組/宏轉(zhuǎn)錄組， 轉(zhuǎn)錄組組裝的相關(guān)結(jié)果數(shù)據(jù)，其他絕大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是可以上傳到該數(shù)據(jù)庫(kù)的，比如SNP分型，基因表達(dá)譜，chip_seq, atac_seq, 甲基化測(cè)序等結(jié)果都可以。

該數(shù)據(jù)庫(kù)還配套了對(duì)應(yīng)的API和R包，可以批量化，流程化地檢索和下載數(shù)據(jù)，在沒(méi)有數(shù)據(jù)的情況下，也可以基于ArrayExpress的公共數(shù)據(jù)進(jìn)行深入挖掘。

以上就是怎么理解ArrayExpress數(shù)據(jù)庫(kù)，小編相信有部分知識(shí)點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿?huì)見(jiàn)到或用到的。希望你能通過(guò)這篇文章學(xué)到更多知識(shí)。更多詳情敬請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。