這期內(nèi)容當中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)環(huán)狀RNA注釋工具circAnno怎么理解，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

成都創(chuàng)新互聯(lián)成立10余年來，這條路我們正越走越好，積累了技術(shù)與客戶資源，形成了良好的口碑。為客戶提供成都網(wǎng)站設(shè)計、成都網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站策劃、網(wǎng)頁設(shè)計、國際域名空間、網(wǎng)絡(luò)營銷、VI設(shè)計、網(wǎng)站改版、漏洞修補等服務(wù)。網(wǎng)站是否美觀、功能強大、用戶體驗好、性價比高、打開快等等，這些對于網(wǎng)站建設(shè)都非常重要，成都創(chuàng)新互聯(lián)通過對建站技術(shù)性的掌握、對創(chuàng)意設(shè)計的研究為客戶提供一站式互聯(lián)網(wǎng)解決方案，攜手廣大客戶，共同發(fā)展進步。

在利用RNA_seq數(shù)據(jù)預測環(huán)狀RNA時，大多數(shù)情況下只能夠得到環(huán)狀RNA的基因組位置，包括頭尾的染色體位置，正負鏈等信息，而沒有環(huán)狀RNA對應(yīng)的來源基因，序列等信息，這些信息都需要我們通過和已有的線性RNA的數(shù)據(jù)比對得到，這一步在分析中稱之為環(huán)狀RNA的注釋。

對于環(huán)狀RNA注釋，不同團隊有不同的做法，核心就是利用環(huán)狀RNA的基因組位置和已知的轉(zhuǎn)錄本去比較，確定是否和已知轉(zhuǎn)錄本有重疊，從而確定來源基因和對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本。

在starBase數(shù)據(jù)庫中，提供了一系列環(huán)狀RNA注釋工具

其中circSeeker和circAnno就是用來進行環(huán)狀RNA注釋的工具

circAnno需要兩個輸入文件，一個為環(huán)狀RNA對應(yīng)的bed格式的文件，另外一個為線性RNA對應(yīng)的bed12格式的文件，以circBase數(shù)據(jù)庫中的環(huán)狀RNA為例來看下這個軟件的具體用法。

1. 從circBase下載環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)

wget http://www.circbase.org/download/hsa_hg19_circRNA.bed
cut -f1-6 hsa_hg19_circRNA.bed > circRNA.bed6

2. 從UCSC下載refseq轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)

利用table browser進行下載，圖示如下

3. 運行注釋

circAnno hg19.bed12.txt circRNA.bed6 > annotation.xls

輸出結(jié)果內(nèi)容如下

前六列的內(nèi)容就是環(huán)狀RNA的bed文件內(nèi)容，只不過在第四列的基礎(chǔ)上增加了轉(zhuǎn)錄本注釋信息，match表示和轉(zhuǎn)錄本的exon完全匹配，overlap表示重疊，intergenic代表是基因間區(qū)。最后三列分別代表重疊區(qū)域的外顯子個數(shù)，外顯子長度和外顯子的起始位置，和bed12文件中的內(nèi)容一致。

上述就是小編為大家分享的環(huán)狀RNA注釋工具circAnno怎么理解了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。