這篇文章主要介紹了circBank數(shù)據(jù)庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

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circBank對circBase數(shù)據(jù)庫中人類的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)加以整理,根據(jù)序列信息進(jìn)行了蛋白編碼潛能,miRNA相互作用預(yù)測分析,并將所有結(jié)果整理成了在線數(shù)據(jù)庫,方便檢索和瀏覽,網(wǎng)址如下

http://www.circbank.cn/

circBank制定了一套系統(tǒng)的circRNA命名方式,以hsa_circ加上來源基因的名字區(qū)分不同來源基因?qū)?yīng)的環(huán)狀RNA,對于來源基因相同的多個環(huán)狀RNA,以數(shù)字編號的后綴加以區(qū)分,示意如下

通過首頁的檢索框,可以根據(jù)circBank Id,circBase id,來源基因名稱,Refseq轉(zhuǎn)錄本名稱等多種方式進(jìn)行檢索,檢索結(jié)果示意如下

點擊miRNA可以查看相互作用分析的結(jié)果,利用miRanda和targetscan兩款軟件預(yù)測circRNA和miRNA的相互作用,示意如下

點擊環(huán)狀RNA的id,可以查看相關(guān)詳細(xì)信息

1. 基本信息

2. 在小鼠中對應(yīng)的保守circRNA

3. 蛋白編碼潛能

采用CPAT和IRESfinder兩款軟件進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果示意如下

4. 突變信息

提供了COSMIC數(shù)據(jù)庫中相關(guān)的突變位點信息

5. m6A修飾信息

該數(shù)據(jù)庫中的信息是免費下載的,其分析環(huán)狀RNA蛋白編碼潛能, miRNA互作的方法值得借鑒,另外將環(huán)狀RNA與SNP, RNA修飾聯(lián)系起來的思路,也為環(huán)狀RNA研究提供了一個新的視角。

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