這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)碛嘘P(guān)chip_seq在增強(qiáng)子研究中的應(yīng)用是怎樣的，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

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增強(qiáng)子是真核生物基因組中的一段長度在幾十到幾千bp之間的DNA序列，可以顯著提高靶標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄活性，屬于順式作用元件的一種。

1981年Benerji在SV40 DNA中發(fā)現(xiàn)一個(gè)140bp的序列，可以大大提高血紅蛋白融合基因的表達(dá)水平，位于SV40 早期基因的上游， 由兩個(gè)正向重復(fù)序列組成，每個(gè)長度在72bp 。

和啟動(dòng)子區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制相比，增強(qiáng)子的作用方式有以下幾個(gè)特點(diǎn)

1. 具有遠(yuǎn)距離效應(yīng)，增強(qiáng)子和靶標(biāo)基因的距離可以非常的遠(yuǎn)，從幾K到幾M的距離都可以

2. 無方向性，增強(qiáng)子可以對(duì)其兩側(cè)的靶標(biāo)基因進(jìn)行調(diào)控，而且靶基因可以在任意一條鏈上，而啟動(dòng)子只能下游臨近的基因

鑒定增強(qiáng)子的方法多種多樣，在chip_seq領(lǐng)域，常用的有以下幾種方式

1. 對(duì)多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)域進(jìn)行聚類，識(shí)別增強(qiáng)子區(qū)域

2. 將H3K4me1和K3K27ac這兩種組蛋白修飾作為增強(qiáng)子區(qū)的mark

3. 使用II型RNA聚合酶的最大亞基POLR2A作為抗體進(jìn)行chip_seq，識(shí)別增強(qiáng)子

4. 使用組蛋白乙酰化轉(zhuǎn)移酶P300作為抗體進(jìn)行chip_seq,識(shí)別增強(qiáng)子

通過對(duì)chip-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，鑒定出了非常多的增強(qiáng)子序列。在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步提出了超級(jí)增強(qiáng)子的概念，將增強(qiáng)子富集的區(qū)域定義為超級(jí)增強(qiáng)子，識(shí)別的方法如下

首先利用chip數(shù)據(jù)識(shí)別到增強(qiáng)子區(qū)域，然后對(duì)增強(qiáng)子區(qū)進(jìn)行合并， 距離在12.5kb范圍內(nèi)的增強(qiáng)子合并為一個(gè)區(qū)域，最后將合并后的區(qū)域和未合并的區(qū)域根據(jù)某種score進(jìn)行排序，畫出第三步的圖，將斜率在1以上的區(qū)域稱之為超級(jí)增強(qiáng)子。

上述就是小編為大家分享的chip_seq在增強(qiáng)子研究中的應(yīng)用是怎樣的了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。