GreeNC數(shù)據(jù)庫有什么用

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GreeNC數(shù)據(jù)庫收錄了植物和藻類的lncRNA信息，網(wǎng)址如下

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

該數(shù)據(jù)庫中的lncRNA是軟件預(yù)測(cè)的結(jié)果, pipeline示意如下

GreeNC數(shù)據(jù)庫有什么用

利用RNA_seq數(shù)據(jù)組裝得到轉(zhuǎn)錄本之后，再進(jìn)行以下幾個(gè)篩選步驟

挑選長度大于200nt的轉(zhuǎn)錄本；
挑選ORF長度小于360nt(蛋白質(zhì)小于120個(gè)氨基酸)的轉(zhuǎn)錄本；
和swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫比對(duì)，挑選沒有比對(duì)上的轉(zhuǎn)錄本或者采用CPC軟件預(yù)測(cè)蛋白編碼潛能，挑選預(yù)測(cè)結(jié)果為non-coding的轉(zhuǎn)錄本，取兩種方法的并集作為候選的lncRNA;
和miRBase，Rfam數(shù)據(jù)庫比對(duì)，挑選沒有比對(duì)上的轉(zhuǎn)錄本作為最終的lncRNA

對(duì)于預(yù)測(cè)到的lncRNA序列，通過Repeatmasker軟件分析其中的重復(fù)元件。所有預(yù)測(cè)的lncRNA，又分為以下兩類

high confidence
low confidence

和swissport沒有比對(duì)結(jié)果，CPC軟件預(yù)測(cè)為non-coding, 沒有比對(duì)上miRBase和Rfam數(shù)據(jù)庫，同時(shí)符合這3點(diǎn)條件的lncRNA, 歸類為high confidence，如果只滿足其中2個(gè)條件，歸類為low confidence; 還有一種情況，如果一個(gè)lncRNA的重復(fù)元件比例太多，也被歸類為low confidence。

目前該數(shù)據(jù)庫收錄了49個(gè)物種的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa為例，檢索結(jié)果如下所示

GreeNC數(shù)據(jù)庫有什么用