這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)HEDD數(shù)據(jù)庫怎么用，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

目前創(chuàng)新互聯(lián)建站已為上千的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、雅安服務(wù)器托管、網(wǎng)站托管、服務(wù)器租用、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計、桃城網(wǎng)站維護(hù)等服務(wù)，公司將堅持客戶導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長，共同發(fā)展。

增強(qiáng)子作為一種重要的基因組順式作用元件，在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮重要作用，參與很多的生物學(xué)過程，當(dāng)然也包括了疾病的發(fā)生與發(fā)展。

HEDD是一個人類增強(qiáng)子和疾病相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，收集整理ENCODE, FANTOM, RoadMap項(xiàng)目中鑒定到的增強(qiáng)子，并通過增強(qiáng)子與靶基因的調(diào)控關(guān)系，靶基因與疾病的關(guān)聯(lián)，建立起增強(qiáng)子與疾病之間的關(guān)系。

該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php

目前共收錄了2,793,316個增強(qiáng)子，包括RoadMap項(xiàng)目中采用ChromHMM軟件預(yù)測到的2,328,833個增強(qiáng)子，F(xiàn)ANTOM5項(xiàng)目中采用CAGE測序分析預(yù)測到的65,359個增強(qiáng)子和ENCODE項(xiàng)目中同時采用Segway和ChromHMM兩款軟件共同預(yù)測得到的399,124個增強(qiáng)子，示意如下

對于增強(qiáng)子基因組區(qū)域內(nèi)包含的各種元件進(jìn)行注釋，提供了以下5種基本注釋信息

1. DHS
   DNase酶超敏位點(diǎn)注釋

2. TFBS
   轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)注釋

3. Histone modification
   組蛋白修飾注釋

4. Repeats
   重復(fù)元件的注釋

5. Conservation
   物種間保守性的注釋

利用增強(qiáng)子的靶基因，從以下兩個角度來構(gòu)建增強(qiáng)子與疾病之間的關(guān)聯(lián)

1. 從MalaCards,DISEASES,DisGeNET疾病數(shù)據(jù)庫中獲取基因與疾病之間的關(guān)聯(lián)信息

2. 從GWAS Catalog,GWASdb,CADD數(shù)據(jù)庫中獲取SNP位點(diǎn)與疾病之間的關(guān)聯(lián)信息

以靶基因和位于靶基因內(nèi)的SNP位點(diǎn)為橋梁，構(gòu)建出增強(qiáng)子和疾病之間關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。

通過Search菜單，可以通過基因組區(qū)域，疾病名稱，靶基因信息進(jìn)行檢索，檢索框示意如下

檢索結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊第一列的增強(qiáng)子ID可以查看和下載詳細(xì)信息

1. 基本注釋

2. 與疾病的關(guān)聯(lián)

3. 增強(qiáng)子之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

4. 增強(qiáng)子，基因，轉(zhuǎn)錄因子間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

該數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費(fèi)下載的，不同于其他的增強(qiáng)子數(shù)據(jù)庫，HEDD不僅提供了增強(qiáng)子的基因組區(qū)域等基本注釋信息，更進(jìn)一步通過靶基因建立起增強(qiáng)子與疾病之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，對開展疾病中的增強(qiáng)子研究具有很大的參考意義。

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