本篇內(nèi)容主要講解“fastANI怎么用”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“fastANI怎么用”吧!

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在最近Nature communications的一篇研究中，作者使用fastANI對9萬個基因組進行分析，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)譜系種內(nèi)與種間存在一個明顯的ANI分界線，相同物種的基因組ANI小于95%，不同物種的基因組ANI大于95%，因此常以95%的ANI作為物種劃分與物種聚類的標準^[1]。

fastANI從GitHub下載軟件包解壓就可以使用，其使用方法如下所示：

fastANI -q genome1.fa -r genome2.fa -o output.txtfastANI -q genome1.fa --rl genome_list.txt -o output.txt-r, --ref：參考基因組核苷酸序列，可以試fasta/fastq及其gzip壓縮文件--rl, --refList：包含參考基因組列表的文件，從而允許多個參考基因組-q, --query：查詢基因組核苷酸序列，可以試fasta/fastq及其gzip壓縮文件--ql, --queryList：包含查詢基因組列表的文件，從而允許多個查詢基因組-k, --kmer：比對的kmer大小，不能大于16，默認為16-t, --threads：程序運行所使用的核數(shù)，默認為1--fragLen：片段長度，默認為3000--minFrag：最短匹配的片段，默認為50--visualize：輸出比對圖像，只適用于一對一比對，默認關(guān)閉--matrix：輸出ANI值作為下三角矩陣，適用于多對多比對，默認關(guān)閉-o, --output：輸出文件名

fastANI -q 951_armatimo.fasta -r 391_armatimo.fasta -o output1.txt --fragLen 1000

結(jié)果如下所示：

其ANI為74.7，2570為參考基因組的所有序列片段，981為查詢基因組中比對上的同源片段，片段數(shù)過少的ANI值是沒有意義的，可以去掉。

多個基因組互相比較如下所示：

fastANI --ql Armatimonadetes.txt --rl Armatimonadetes.txt -o output2.txt --fragLen 1000 -t 10 --matrix

生成的矩陣結(jié)果如下所示：

以上矩陣我們可以在R中作圖展示，如下所示：

到此，相信大家對“fastANI怎么用”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學習！