本篇內容主要講解“R語言如何對一組SNP數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“R語言如何對一組SNP數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計”吧!
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SNPassoc包我們要用里面的函數(shù)進行計算。
library(SNPassoc) 如果沒有安裝SNPassoc，使用install.packages()進行安裝。
data(SNPs)查看SNPs的數(shù)據(jù)
SNPs[1:10,1:9]| id | casco | sex | blood.pre | protein | snp10001 | snp10002 | snp10003 | snp10004 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | Female | 13.7 | 75640.52 | TT | CC | GG | GG |
| 2 | 1 | Female | 12.7 | 28688.22 | TT | AC | GG | GG |
| 3 | 1 | Female | 12.9 | 17279.59 | TT | CC | GG | GG |
| 4 | 1 | Male | 14.6 | 27253.99 | CT | CC | GG | GG |
| 5 | 1 | Female | 13.4 | 38066.57 | TT | AC | GG | GG |
| 6 | 1 | Female | 11.3 | 9872.46 | TT | CC | GG | GG |
| 7 | 1 | Female | 11.9 | 11132.90 | TT | AC | GG | GG |
| 8 | 1 | Male | 12.4 | 29973.43 | TT | AC | GG | GG |
| 9 | 1 | Male | 14.5 | 31114.29 | CT | CC | GG | GG |
| 10 | 1 | Female | 12.2 | 41768.55 | TT | AC | GG | GG |
使用SNPassoc的summary函數(shù), 會返回該SNP的匯總信息，里面包括哈溫檢驗。
mysnp <- snp(SNPs$snp10001,sep="")
summary(mysnp) Genotypes:
frequency percentage
T/T 92 58.598726
C/T 53 33.757962
C/C 12 7.643312
Alleles:
frequency percentage
T 237 75.47771
C 77 24.52229
HWE (p value): 0.2816392可以看到，snp10001，T的頻率是0.754，C的頻率是0.245. 該位點的哈溫平衡測試p值為0.28，說明該位點符合哈溫平衡。
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