今天就跟大家聊聊有關(guān)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的platform信息是怎樣的，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

在井陘等地區(qū)，都構(gòu)建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強(qiáng)發(fā)展的系統(tǒng)性、市場(chǎng)前瞻性、產(chǎn)品創(chuàng)新能力，以專注、極致的服務(wù)理念，為客戶提供成都做網(wǎng)站、網(wǎng)站設(shè)計(jì) 網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作按需搭建網(wǎng)站,公司網(wǎng)站建設(shè),企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),成都品牌網(wǎng)站建設(shè),營(yíng)銷型網(wǎng)站建設(shè),外貿(mào)營(yíng)銷網(wǎng)站建設(shè),井陘網(wǎng)站建設(shè)費(fèi)用合理。

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的platform代表測(cè)序平臺(tái)或者芯片平臺(tái)，每一個(gè)platform用GPL開頭的編號(hào)唯一標(biāo)識(shí)。對(duì)于一個(gè)platform而言，通常包含以下3種文件

1. soft

2. miniml

3. suppl

以GPL20814為例，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL20814

soft和miniml都是表示該platform的基礎(chǔ)信息，比如GPL編號(hào)，上傳日期等，soft文件的部分內(nèi)容如下

^DATABASE = GeoMiame
!Database_name = Gene Expression Omnibus (GEO)
!Database_institute = NCBI NLM NIH
!Database_web_link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
!Database_email = geo@ncbi.nlm.nih.gov
^PLATFORM = GPL20814
!Platform_title = Human miRNA Array miRbase release 19
!Platform_geo_accession = GPL20814
!Platform_status = Public on Jun 12 2017
!Platform_submission_date = Aug 18 2015
!Platform_last_update_date = Jun 12 2017

在soft文件中，每種類別的信息以^開頭，常見的類別如下所示

1. DATABASE

2. PLATFORM

3. SAMPLE

4. SERIES

DATABASE代表GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的基本信息，PLATFORM代表該平臺(tái)的基本信息，SAMPLE代表用該平臺(tái)得到的樣本信息，SERIES代表使用該平臺(tái)得到的一組樣本。

在每種類別中，!開頭代表一種類型的信息，常規(guī)格式為key = value, 比如

Platform_geo_accession = GPL20814

對(duì)于芯片平臺(tái)而言，還會(huì)提供探針和基因之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系等信息，在對(duì)應(yīng)的網(wǎng)頁(yè)上，我們可以看到如下的表格

這部分內(nèi)容在soft文件中也是存在的，示意如下

!platform_table_begin
ID    Reporter Name    miRNA_ID    SPOT_ID
272    hsa-miR-99b-5p    MIMAT0000689    
271    hsa-miR-99b-3p    MIMAT0004678    
270    hsa-miR-99a-5p    MIMAT0000097    
269    hsa-miR-99a-3p    MIMAT0004511    
268    hsa-miR-98-5p    MIMAT0000096
...
!platform_table_end

采用配對(duì)的兩個(gè)!嘆號(hào)來(lái)表示數(shù)據(jù)的開始和結(jié)束，在中間存放對(duì)應(yīng)的表格數(shù)據(jù)。

miniml中的內(nèi)容和soft是一樣的，只是用XML格式來(lái)存儲(chǔ)上述信息，而supplement file則是由提交者自己上傳的一些補(bǔ)充文件，沒(méi)有明確的格式。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的platform信息是怎樣的有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。