這篇文章主要介紹unibind數(shù)據(jù)庫有什么用，文中介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

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unibind采用了ChIP-eat這個工具對ReMap數(shù)據(jù)庫中轉(zhuǎn)錄因子的chip_seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，對于來自JASPAR數(shù)據(jù)庫中的人類轉(zhuǎn)錄因子，通過結(jié)合chip_seq數(shù)據(jù)的分析結(jié)果和轉(zhuǎn)錄因子的PWM等模型來準(zhǔn)確預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

https://unibind.uio.no/

數(shù)據(jù)分析的流程如下圖所示

該數(shù)據(jù)庫對來自315個不同組織和細(xì)胞系，231種轉(zhuǎn)錄因子，共1983個chip_seq原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，與hg38基因組進(jìn)行比對，通過peak calling識別到peak區(qū)域，再進(jìn)一步結(jié)合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4種模型在peak區(qū)間的基礎(chǔ)上進(jìn)一步預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。

通過首頁的檢索框，可以根據(jù)各種關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索

檢索結(jié)果如下所示

點(diǎn)擊每個數(shù)據(jù)集可以查看詳細(xì)結(jié)果，示意如下

在該頁面，可以下載peak區(qū)間，也可以下載TFBS的bed文件和fasta文件。TFBS的bed格式內(nèi)容如下

JASPAR數(shù)據(jù)庫只提供了轉(zhuǎn)錄因子的motif信息，unibind則在此基礎(chǔ)上提供了TFBS的信息，可以看作是對JASPAR數(shù)據(jù)庫的一個補(bǔ)充，對于轉(zhuǎn)錄因子研究而言，TFBS信息非常的重要，對于研究轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因意義重大，所以該數(shù)據(jù)庫非常的實(shí)用。

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