本篇內(nèi)容主要講解“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”吧!

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HOMER是一款進(jìn)行motif預(yù)測的軟件，除此之外，該軟件還集成了許多其他功能，可以識別用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等數(shù)據(jù)。本文主要介紹如何通過HOMER來進(jìn)行peak calling。

在HOMER中，通過findPeaks這個命令來進(jìn)行peak calling, 這個命令有以下多種模式，對應(yīng)不同類型的peak的識別

1. factor
   這種模式用于識DNA和蛋白質(zhì)結(jié)合位點，主要用于識別轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，預(yù)測出來的peak的長度是一個固定的數(shù)值。

2. histone
   這種模式用于識別發(fā)生組蛋白修飾的區(qū)域，該模式識別到的peak長度不完全相同，是變化的數(shù)值。

3. super
   這種模式用于識別超級增強(qiáng)子。

4. groseq
   這種模式用于分析鏈特異性的GRO_seq數(shù)據(jù)

5. tss
   這種模式用于分析5’RNA_seq/CAGE/5’GRO_seq, 目的是識別promoter/TSS區(qū)域

6. dnase
   這種模式用于分析DNase_seq數(shù)據(jù)，目的是識別DNase酶超敏位點

7. mC
   這種模式用于識別DNA甲基化區(qū)域

對于chip_seq的peak calling而言，常用的模式就是factor, histone和super這3種模式。具體用法如下,分為兩步

1. makeTagDirectory

比對基因組得到bam文件之后，首先用通過makeTagDirectory這個命令，生成一個文件夾，用法如下

makeTagDirectory out_dir align.bam

輸出目錄文件如下

├── chr1.tags.tsv
├── chr2.tags.tsv
├── chr3.tags.tsv
...
├── chrY.tags.tsv
├── tagAutocorrelation.txt
├── tagCountDistribution.txt
├── tagInfo.txt
└── tagLengthDistribution.txt

默認(rèn)將每條染色體的比對情況有一個tags.tsv文件來存儲，除此之外，還有幾個以tag開頭的文件，包含了一些簡單的統(tǒng)計信息。

tagCountDistribution.txt包含了測序深度的分布信息，第一列為測序深度的值，第二列為對應(yīng)的reads的比例。根據(jù)這個文件的前10行，在R里面可視化如下

對于chip樣本而言，unique mapping reads的比例越高越好，所以可以看到測序深度為1的比例是最高的。

tagLengthDistribution.txt包含了reads的長度分布信息，第一列為長度，第二列為對應(yīng)reads的比例， 在R里面可視化如下

可以對插入片段的長度分布有一個直觀的了解。

tagAutocorrelation.txt用于評估測序數(shù)據(jù)正負(fù)鏈上測序深度分布的相關(guān)性，在R里面可視化如下

正負(fù)連的峰值間距離為插入偏度的長度。

2. findPeaks

分別對input和IP樣本建立好tagdirectory之后就可以peak calling, 用法如下

findPeaks ip_tagdir/ -i input_tagdir -style histone -o homer.peak.txt

輸出結(jié)果和macs2的類似，分成了兩部分，文件頭尾以#開頭的行為注釋行，部分信息如下

peak對應(yīng)的行示意如下

到此，相信大家對“如何使用HOMER進(jìn)行peak calling”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！