這篇文章主要介紹了GTEx是一個什么數(shù)據(jù)庫，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

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GTEx全稱如下

Genotype-Tissue Expression

該項目對來自人體多個組合和器官的樣本，同時進行了轉(zhuǎn)錄組測序和基因分型分析，構(gòu)建了一個組織特異性的基因表達和調(diào)控的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址如下

https://gtexportal.org/home/

包含的組織類型和樣本個數(shù)如下圖所示

對于所有的樣本，主要進行了以下三種分析

1. RNA  seq

通過illumina Truseq試劑盒構(gòu)建polyA+文庫，采用Hiseq 2000/2500進行測序，對于下機數(shù)據(jù)，采用STAR進行比對，參照選擇的是gencode V19版本的gtf文件，進行了以下3個level的定量

1. gene-level,采用RNAseQC軟件，對基因的raw count和TPM兩種方式進行定量

2. exon-level, 對exon的raw count進行定量

3. transcript-level，采用RSEM進行轉(zhuǎn)錄本水平的定量

2. genotype

通過WGS對樣本進行分型, 采用的是GATK germline variants calling的流程，步驟如下

1. bwa-mem alignment

2. picard markduplicate

3. BQSR

4. indel realign

5. haplotypeCaller

3. eQTL

通過FastQTL軟件進行cis-eQTL分析，將基因型和基因表達量進行關(guān)聯(lián)。

通過官網(wǎng)可以查看基因表達量和eQTL分析的結(jié)果，以TP53為例，每個基因給出了以下3個層級的表達量

1. Isoform Expression

2. Exon Expression

3. Junction Expression

分別對應(yīng)轉(zhuǎn)錄本，外顯子，剪切序列的表達量，對于不同組織中的表達量，以熱圖的形式進行展示，示意如下

對于基因結(jié)構(gòu)，也進行了可視化，示意如下

eQTL的結(jié)果示意如下

提供了以下兩種可視化方式，第一種是在單個組織內(nèi)的小提琴圖，eQTL violin plot, 示意如下

第二種用于多個組織間的比較，Multi-tissue eQTL plot, 示意如下

所有的分析結(jié)果可以通過官網(wǎng)進行下載，GTEx數(shù)據(jù)庫不僅僅是一個正常組織的基因表達量數(shù)據(jù)庫，其eQTL分析的策略更值得我們借鑒。

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“GTEx是一個什么數(shù)據(jù)庫”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!