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二代測序數(shù)據(jù)的指控一般包含以下步驟：
切除尾端堿基質(zhì)量小于指定值（一般為20）的堿基。可以簡單的單堿基修剪，也即從末端開始進行刪除，直到讀取堿基質(zhì)量高于20；也可以進行滑窗修剪，也即從末端開始以指定堿基數(shù)目的滑窗開始修剪，直到滑窗內(nèi)堿基平均質(zhì)量高于20。
去除末端修剪后長度小于指定值的reads。不同項目指定值不同，一般宏基因組去掉小于50bp的reads（50bp已不夠產(chǎn)生k-mer），而擴增子測序則根據(jù)raw reads長度和PCR插入片段的長度來確定，例如V4區(qū)大概260bp，那么可以去掉雙末端reads之和小于280bp的（否則不足以拼接）。
其他一些要求，例如去除含有N（也即無法讀取位點）過多的reads、去除完全重復(fù)的reads等。
conda install -c trimmomatic
java -jar trimmomatic-0.30.jar PE -threads 20 -phred33 R1.fq R2.fq clean.R1.fq unpaired.R1.fq clean.R2.fq unpaired.R2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36參數(shù)解釋如下：PE/SE 設(shè)定對Paired-End或Single-End的reads進行處理，其輸入和輸出參數(shù)稍有不一樣。-threads 設(shè)置多線程運行數(shù)，也即核數(shù)-phred33 設(shè)置堿基的質(zhì)量格式，可選pred64ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 切除adapter序列。參數(shù)后面分別接adapter序列的fasta文件：允許的最大mismatch數(shù)：palindrome模式下匹配堿基數(shù)閾值：simple模式下的匹配堿基數(shù)閾值。LEADING:3 切除首端堿基質(zhì)量小于3的堿基TRAILING:3 切除尾端堿基質(zhì)量小于3的堿基SLIDINGWINDOW:4:15 滑窗修剪，一個Windows的size是4個堿基，其平均堿基質(zhì)量小于15，則切除。MINLEN:50 最小的reads長度CROP:保留reads到指定的長度HEADCROP: 在reads的首端切除指定的長度TOPHRED33 將堿基質(zhì)量轉(zhuǎn)換為pred33格式TOPHRED64 將堿基質(zhì)量轉(zhuǎn)換為pred64格式
切除尾端堿基質(zhì)量小于20的堿基（也即從末端開始進行刪除，直到讀取堿基質(zhì)量高于20），并去掉剪切后長度小于150的小序列片段：java -jar trimmomatic-0.30.jar PE -threads 20 -phred33 R1.fq R2.fq clean.R1.fq unpaired.R1.fq clean.R2.fq unpaired.R2.fq TRAILING:20 MINLEN:150使用末端滑窗修剪，同時去掉質(zhì)控后長度過短（小于50bp）的小片段，如下所示：java -jar trimmomatic-0.33.jar PE -threads 20 -phred33 rm_dup_N_trim_1.fq rm_dup_N_trim_2.fq clean_1.fq unp_clean_1.fq clean_2.fq unp_clean_2.fq SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50
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