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lnc2Cancer是一個從文獻(xiàn)中收集整理的人類lncRNA相關(guān)腫瘤信息的數(shù)據(jù)庫,網(wǎng)址如下
http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/
目前最新版本是v2.0, 相比v1.0, 收錄的lncRNA數(shù)量,腫瘤亞型數(shù)量,lncRNA與腫瘤相關(guān)聯(lián)的數(shù)量都顯著增長,示意如下
在該數(shù)據(jù)庫中,將lncRNA與腫瘤的關(guān)系分成了以下類別
Circulating lncRNA-cancer
Prognositc lncRNA-cancer
Drug resistant lncRNA-cancer
根據(jù)患病與治療的不同階段,分成了腫瘤發(fā)生期,預(yù)后,抗藥性3個方面;同時,還給出了文獻(xiàn)中報導(dǎo)的,調(diào)控lncRNA的其他分子信息,包括以下幾種
TF
miRNA
variant
methylation
通過Browser
功能,可以根據(jù)lncRNA
或者cancer
查看相關(guān)結(jié)果,以HOTAIR
這個lncRNA為例,結(jié)果如下
不僅給出了相關(guān)疾病的名稱,文獻(xiàn),還給出了驗證的方法,表達(dá)趨勢等信息,點擊details
, 可以進(jìn)一步查看具體的細(xì)節(jié)。
對于文獻(xiàn)中采用的NGS數(shù)據(jù),可以通過HIGH-THROUGHPUT
查看,示意如下
通過對應(yīng)的GEO編號,可以下載到原始數(shù)據(jù),可以方便我們基于別人已有的數(shù)據(jù)去進(jìn)行分析。
該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)是免費下載的,示意如下
相比lncrnadisease數(shù)據(jù)庫,ln2Cacner專注腫瘤領(lǐng)域,而且做了細(xì)致的劃分,同時也提供了相關(guān)的TF, miRNA, SNP, 甲基化等信息。
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