IARC TP53數(shù)據(jù)庫的示例分析,很多新手對此不是很清楚,為了幫助大家解決這個難題,下面小編將為大家詳細講解,有這方面需求的人可以來學習下,希望你能有所收獲。
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TP53基因,也稱之為P53, 是一種抑癌基因,編碼一種分子量為53KDa的蛋白質(zhì),介導細胞凋亡過程,通過介導癌細胞的凋亡過程,實現(xiàn)抑癌作用。作為最易突變和最重要的腫瘤抑制基因,TP53基因相關突變研究的非常全面和深入。IARC TP53 database收集整理里文獻發(fā)表和公共數(shù)據(jù)庫中收錄的TP53基因上的變異位點,數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下
http://p53.iarc.fr/Scope.aspx
該數(shù)據(jù)庫收錄了以下幾種TP53基因相關變異信息
癌癥樣本中的somatic mutations
癌癥患者,家屬以及對照的正常樣本中的germline mutations
human中常見的TP53多態(tài)位點
TP53突變蛋白的功能評級
不同細胞系中TP53基因的突變信息
小鼠模型中的TP53基因突變信息
實驗證據(jù)支持的突變
同時還收錄腫瘤患者的臨床病理信息,生存數(shù)據(jù)等相關信息。通關官網(wǎng)的檢索系統(tǒng)可以靈活的檢索數(shù)據(jù),最基本的檢索方式是利用突變位點的描述信息,示意如下
可以輸入一個或者多個不同水平的突變描述信息進行檢索,以C.524G>A
為例,檢索結果示意如下
給出了對應的genomic, cdnA, protein3個水平的描述,對應的外顯子位置,功能影響,和clinvar, cosmic, dbsnp, genomeAD等數(shù)據(jù)庫的鏈接。除此之外,也可以根據(jù)突變位點的不同特征進行檢索,示意如下
可以根據(jù)堿基突變的類型,所處的外顯子,突變是否有害,染色體位置等多種條件進行檢索,檢索結果的table形式和第一種檢索結果相同,對于多個檢索結果,可以查看其突變特征和在不同腫瘤中的分布
查看以下兩種信息的分布
Mutation type
Mutation effects
Mutation type的結果示意如下
Mutation effects的結果示意如下
查看somatic mutations和germline mutations在各種腫瘤上的分布,結果以柱狀圖展現(xiàn),結果示意如下
如果需要深入研究TP53基因的相關突變,該數(shù)據(jù)庫非常值得參考。
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