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公共數(shù)據(jù)庫(kù)GTEx，The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project，首次被提出來(lái)是2013年，上百位科學(xué)家聯(lián)名在Nature Genetics雜志發(fā)表的文章首次介紹了“基因型-組織表達(dá)工程”，并成立了“基因型-組織表達(dá)研究聯(lián)盟”（Genotype-Tissue Expression Consortium，GTEx）以下簡(jiǎn)稱“GTEx”）。
因?yàn)镚TEx數(shù)據(jù)庫(kù)直接提供RNA-seq的counts矩陣文件下載，從表達(dá)矩陣?yán)锩婵梢愿鶕?jù)基因名字區(qū)分出來(lái)：
流程圖如下：
列舉這30個(gè)組織的特異性的表達(dá)，包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA
留給大家搜索了，理論上很多物種也是有各個(gè)器官的表達(dá)量信息，包括芯片的以及測(cè)序的，包括mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白。
而且，現(xiàn)在不是單細(xì)胞水平的研究很流行嘛，理論上這個(gè)組織特異性可以進(jìn)一步細(xì)化到細(xì)胞類型的特異性。
既然GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)的30余種組織，可以有特異性的mRNA，lncRNA，miRNA，那么TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的不同癌癥，理論上也有癌癥類型的特異性的mRNA，lncRNA，miRNA。
上述就是小編為大家分享的怎么探索lncRNA表達(dá)量的組織特異性了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
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