這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)KEGG Glycan 數(shù)據(jù)庫(kù)的原理是什么,文章內(nèi)容質(zhì)量較高,因此小編分享給大家做個(gè)參考,希望大家閱讀完這篇文章后對(duì)相關(guān)知識(shí)有一定的了解。
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復(fù)合糖作為糖類與蛋白質(zhì)或者脂質(zhì)結(jié)合的產(chǎn)物 ,在生物中分布廣泛,具有重要的功能。GLYCAN 數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的復(fù)合糖的信息,主要是結(jié)構(gòu)信息。每條記錄用G number 標(biāo)識(shí),比如 G00197
。
對(duì)于復(fù)合糖而言,搞清楚其結(jié)構(gòu)只是最基礎(chǔ)的研究,我們更加關(guān)注其在生命活動(dòng)中的意義。kegg 將復(fù)合糖相關(guān)的基因,代謝途徑, 疾病等信息關(guān)聯(lián)在一起,通過(guò)pathway的形式進(jìn)行展示。 在pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)中,有1個(gè)類別,專門(mén)用于描述復(fù)合糖的代謝通路信息,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli
,
在這些pathway 中,主要展示的信息是復(fù)合糖的代謝途徑,與基因的相互作用等信息,有部分圖中還包含了復(fù)合糖對(duì)應(yīng)的生物合成途徑,或者降解途徑,這部分信息成為 structure map。比如 map00510
, 可以分成以下兩部分:
代謝通路
structure map
對(duì)于復(fù)合糖在癌癥中的作用,專門(mén)有1個(gè)pathway 來(lái)記錄這些信息
http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205
糖基轉(zhuǎn)移酶催化糖類與蛋白,脂質(zhì)等物質(zhì)的結(jié)合。
有關(guān)糖基轉(zhuǎn)移酶的信息,在KO 數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行了存儲(chǔ),比如下圖,不僅給出了對(duì)應(yīng)的基因,還給出了對(duì)應(yīng)的enzyme EC 編號(hào), CAzy 數(shù)據(jù)庫(kù)的信息,而且還給出了參與的pathway 信息。
對(duì)于所有收錄的糖基轉(zhuǎn)移酶的分類,對(duì)應(yīng) brite 數(shù)據(jù)庫(kù)中的鏈接如下
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg
Glycan 數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了糖類物質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息,并給出了糖類參數(shù)的各種代謝通路。
糖基轉(zhuǎn)移酶,催化糖類與蛋白質(zhì),脂質(zhì)等的結(jié)合,在KO數(shù)據(jù)庫(kù)中給出了對(duì)應(yīng)的信息。
關(guān)于KEGG Glycan 數(shù)據(jù)庫(kù)的原理是什么就分享到這里了,希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助,可以學(xué)到更多知識(shí)。如果覺(jué)得文章不錯(cuò),可以把它分享出去讓更多的人看到。