這篇文章將為大家詳細講解有關(guān)Pfam數(shù)據(jù)庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

成都創(chuàng)新互聯(lián)公司專注于大興網(wǎng)站建設(shè)服務(wù)及定制，我們擁有豐富的企業(yè)做網(wǎng)站經(jīng)驗。 熱誠為您提供大興營銷型網(wǎng)站建設(shè)，大興網(wǎng)站制作、大興網(wǎng)頁設(shè)計、大興網(wǎng)站官網(wǎng)定制、微信小程序開發(fā)服務(wù)，打造大興網(wǎng)絡(luò)公司原創(chuàng)品牌,更為您提供大興網(wǎng)站排名全網(wǎng)營銷落地服務(wù)。

在蛋白質(zhì)分子中，包含多個結(jié)構(gòu)特異并且功能區(qū)里的區(qū)域，這些區(qū)域稱之為domain， domain 可以看做蛋白質(zhì)功能的基本單位，蛋白質(zhì)的功能由包含的多個domain共同決定。研究domain, 可以更好的研究蛋白質(zhì)功能。

Pfam是蛋白質(zhì)家族的數(shù)據(jù)庫，根據(jù)多序列比對結(jié)果和隱馬爾可夫模型，將蛋白質(zhì)分為不同的家族。網(wǎng)址如下

http://pfam.xfam.org/

在該數(shù)據(jù)庫中，提供了以下2個不同層級蛋白質(zhì)家族信息。

1. family

每個family以PF編號唯一標識，示意如下

所有的family可以分為以下6種類型

1. Family
   A collection of related protein regions

2. Domain
   A structural unit

3. Repeat
   A short unit which is unstable in isolation but forms a stable structure when multiple copies are present

4. Motifs
   A short unit found outside globular domains

5. Coiled-Coil
   Regions that predominantly contain coiled-coil motifs, regions that typically contain alpha-helices that are coiled together in bundles of 2-7.

6. Disordered
   Regions that are conserved, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular).

2. clan

對多個family進行相似性分析，將具有相似的三維結(jié)構(gòu)或者相同motif的family歸為一個clan, 可以看做是superfamily的概念，每個clan以CL編號標識，示意如下

除此以外，還提供了物種的蛋白質(zhì)組信息，就是該物種內(nèi)所有的蛋白質(zhì)family 信息，示意如下

以human為例，其蛋白質(zhì)組的信息如下

其實就是該物種的所有蛋白質(zhì)對應的Pfam的集合。

該數(shù)據(jù)庫最新版本為31.0, 于2017年3月更新，包含16712個蛋白質(zhì)家族信息。ftp地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/

后綴為hmm的文件是由HMMER3構(gòu)建的隱馬可夫模型，可用于序列比對。

關(guān)于“Pfam數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。