這篇文章給大家介紹對peak區(qū)域進行基因注釋的在線工具PAVIS是怎樣的，內(nèi)容非常詳細，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。

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PAVIS是一個在線工具，可以對peak區(qū)間與基因組各個特種的overlap情況進行注釋。

對于一個gene而言，將其分成了以下區(qū)域，圖示如下

藍色方框代表外顯子，紅色線條代表內(nèi)含子，在第一個外顯子的5’端為轉(zhuǎn)錄起始位點TSS, 在最后一個外顯子的3’端為轉(zhuǎn)錄終止位點TTS。TSS和TTS之間的所有序列通過剪切形成成熟mRNA序列。在剪切過程中內(nèi)含子會被去除，只保留外顯子。mRNA在翻譯過程中，在5’端和3’端各有一段不翻譯的區(qū)域，稱之為UTR,對應(yīng)圖中綠色方框的部分。

TSS上游區(qū)域稱之啟動子區(qū)，也稱之為upstream, 由于沒有明確的長度定義，在實際處理中，通常取一個固定的閾值，比如2kb等；與之對應(yīng)，在TTS下游的區(qū)域稱之為downstram, 也是取一個固定長度。

在線工具的用法如下，首先選取對應(yīng)的基因注釋，并定義upstream和downstream的長度，然后上傳bed格式的peak文件就可以了，示意如下

在結(jié)果頁面，首先用表格展示各部分的比例

除此之外，還采用餅圖和柱狀圖展示各個部分的比例，示意如下

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