本篇文章給大家分享的是有關R語言如何計算GC/AT含量，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
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今天給大家介紹一個可以處理FASTA文件的包-Biostrings。這個包主要是處理基因組的一些序列信息，包括：序列翻譯、DNA/RNA互轉、統(tǒng)計各個堿基的含量、三連字母的含量.....這些都是一行命令可以解決的。今天就先來教大家怎樣計算GC/AT含量。
首先是安裝，代碼如下：
重慶分公司
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source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Biostrings")
輸入代碼后需要耐心地等待幾分鐘。
安裝完畢，只需敲幾行代碼，就可以實現(xiàn)GC/AT含量可視化。
#序列文件儲存路徑filepath<-"C:/Users/dell/Desktop/sequence.fasta"#讀取文件（FASTA格式）x<-readDNAStringSet(filepath)chrom<-x[[1]]#每100個堿基為窗口計算AT含量at<-rowSums(letterFrequencyInSlidingView(chrom,100,c("A","T")))/100#獲取描述性統(tǒng)計量根據(jù)此設置坐標summary(at)#畫圖plot(at,type='l',axes=F,xlab=NA,ylab=NA,ylim=c(0.2,0.8))axis(2,at=c(0.2,0.4,0.6,0.8),labels=c("20%","40%","60%","80%"))#縱坐標設置根據(jù)summary函數(shù)計算結果axis(1,at=c(0,2000,4000,6000,8000,10000,12000,14434),labels=c("Start","2000","4000","6000","8000","10000","12000","End"))#根據(jù)基因組顯示橫坐標信息
以上就是R語言如何計算GC/AT含量，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
