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circoszooms怎么使用

本篇內(nèi)容介紹了“circos zooms怎么使用”的有關(guān)知識(shí),在實(shí)際案例的操作過程中,不少人都會(huì)遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細(xì)閱讀,能夠?qū)W有所成!

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在展示染色體信息時(shí),如果想要重點(diǎn)展示其中某一段區(qū)域的信息,可以借助zooms來實(shí)現(xiàn)。zooms起到一個(gè)伸縮的功能,將原本的區(qū)域放大或者縮小。

配置文件寫法如下:

circos zooms怎么使用

zooms由多個(gè)zoom構(gòu)成,每個(gè)zoom必須具備以下幾個(gè)參數(shù)

  1. chr

  2. start

  3. end

  4. scale

其中chr, start , end這三個(gè)參數(shù)指定需要縮放的染色體區(qū)域,scale指定需要縮放的倍數(shù)。

看一個(gè)具體的例子:

circos zooms怎么使用

在上面的示意圖中,對(duì)染色體多處區(qū)域進(jìn)行了縮放。其中對(duì)1號(hào)染色體上的部分區(qū)域進(jìn)行了放大,對(duì)2號(hào)染色體上的部分區(qū)域進(jìn)行了縮小。

1號(hào)染色體100-120Mb區(qū)域放大2倍,接下來的區(qū)域依次類推,分別放大了3倍, 4倍,5倍;對(duì)應(yīng)配置文件的寫法為

circos zooms怎么使用

2號(hào)染色體100-120Mb 區(qū)域縮小為原來的0.5倍,接下來的區(qū)域依次類推,分別縮小為原來0.25, 0.1,0.25, 0.5;對(duì)應(yīng)配置文件的寫法為

circos zooms怎么使用

在上述的例子中,需要縮放的區(qū)域之間沒有重疊,當(dāng)這些區(qū)域之間以后重疊時(shí),重疊區(qū)的縮放比例以最高的為準(zhǔn)。比如下面的縮放比例

circos zooms怎么使用

實(shí)際處理時(shí)會(huì)變成如下的縮放比例

circos zooms怎么使用

對(duì)于沒有爭(zhēng)議的區(qū)域,就按照指定的比例縮放,對(duì)于指定了多個(gè)縮放比例的overlap區(qū),以最大的數(shù)值作為最終的縮放比例。

zoom相關(guān)參數(shù)中,還有兩個(gè)很特別的參數(shù)

  1. smooth_distance

  2. smooth_steps

寫法如下:

circos zooms怎么使用

這兩個(gè)參數(shù)的作用是控制鄰近區(qū)域的縮放情況。不指定這兩個(gè)參數(shù)時(shí),只有目標(biāo)區(qū)域會(huì)進(jìn)行縮放;指定這兩個(gè)參數(shù)后,會(huì)對(duì)上下游區(qū)域進(jìn)行縮放。

smooth_distance控制需要縮放的上下游區(qū)域的距離,2r代表是目標(biāo)區(qū)域的兩倍,由于目標(biāo)區(qū)域?yàn)?code>120u到125u, 長(zhǎng)度為5M,需要縮放的上下游區(qū)域就是2 X 5 = 10M,這些區(qū)域也需要方法scale倍數(shù); smooth_steps控制上下游區(qū)域縮放的步數(shù),上下游區(qū)域的縮放比例是一個(gè)線性增長(zhǎng)的關(guān)系,在下面的示意圖中,可以看到,1號(hào)染色體目的區(qū)域上游的10M區(qū)域110-120, 也放大為原來的10倍,其縮放不是整個(gè)區(qū)域直接放大10倍,而是劃分成了10個(gè)子的區(qū)域,每個(gè)區(qū)域縮放比例逐漸遞增,有1.8遞增到9.2,總和加起來是原先的10倍。

circos zooms怎么使用
對(duì)于zooms而言,其參數(shù)一共只有6個(gè),具體的含義上文也給很給出了詳細(xì)的解釋。但是對(duì)于染色體的縮放,除了zooms之外,還有其他的參數(shù)也可以實(shí)現(xiàn)

1. 對(duì)整個(gè)染色體進(jìn)行縮放

通過chromosomes_scale參數(shù)來實(shí)現(xiàn),寫法如下

chromosomes_scale = hs1:0.2;hs2:0.2;hs3:0.2;hs8:5;hs9:5;hs10:5

hs1:0.2表示將1號(hào)染色體縮小為原來的0.2倍,對(duì)于每條染色體的縮放比例,采用分號(hào)分隔。

2. 對(duì)染色體部分區(qū)域進(jìn)行縮放

寫法如下

chromosomes = hs1[a]:0-20;hs2[b]:0-20;hs1[c]:20-40;hs2[d]:20-40;hs1[e]:40-60;hs2[f]:40-60
chromosomes_scale = a:0.5;b:0.5;e:5;f:5

hs1為例,在chromosomes中,指定了a, c, e3個(gè)區(qū)間,在chromosomes_scale中,對(duì)這3個(gè)區(qū)間進(jìn)行了縮放。

“circos zooms怎么使用”的內(nèi)容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識(shí)可以關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站,小編將為大家輸出更多高質(zhì)量的實(shí)用文章!


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